（此章完全属于剧透，如希望阅读全篇的读者请从头开始看。如果希望速读完整本，或以前看过前来补全的继续阅读。）
故事开始，一位异乡来求学的青年（程远航），被家里人从战火中的故乡送到了科技之都。这里没有亲人，没有朋友，连续在出租屋内待了些许时日的远航，甚至都开始胆怯于上学。但是在父母的催促下，他还是按时去报道了。好在运气不错在这里遇到了他在大屏幕上见的明星（星妍）。两个孤独的人很快就成了朋友，远航也见证了其难为的一面。
因为一款名叫“异我”的游戏盛行，远航便借着假期打工的钱，买下了游玩使用的机器，其价格低廉让远航都有些好奇。在游戏中，远航结识了一位好色的牛仔，也见识了其精湛的枪法，在与星妍碰面后，他们便开始了攻略世界树的挑战。
为了减轻家里的负担，远航在上课的途中打起了临时工，这是一家叫做“妙谋”的公司。在这里，他遇见了一位行为举止怪异的女孩，章玥玥。也结识了一位一直追随在其身旁的剑客，关修杰。只是两人好像隐藏着什么，关系忽近忽远。
攻打世界树的途中，远航接到了一项特殊的任务，“追猎精灵女王”，因为远航想将世界道具“真·精灵之声”送给星妍的愿望没有达成，所有便接下了这个任务，打算拿一个真世界道具的复制品。（第一剧场版）
伏笔：远航做完这个任务，会获得一次复活的机会，但是他从来没死过。
故事进入第二轮（第一季12-24章）：
这里，远航明白了牛仔的家事，也发现了其爱的重量，就如其中的一个章节名一般。探索的途中，他们发现了一个特殊的地图。此时引出特别章节：风雪誓言。
（作者以前写过的一本短篇：
讲述的是一个极北的村子，里面住着几位守村人。大部分人因为受不了这严寒的天气，而去远方的城市生活，唯一原因坚持下来的也就这几位。其中的某一天，村长在雪地里捡到了一位女孩，就好似在沙漠发现了瀑布般离谱。
尽管其他人都不愿意相信，但是见到这位女孩的时候又不得不承认。女孩性格开朗，给村长和村民带来了罕见的快乐，只是快乐并不长久，女孩的家人来接他们了。奇怪的是，女孩并不知道家人，家人也说不明白女孩。不过证件齐全，村长还是将女孩交给了他们。副村长自然不信，跋山涉水去到了远方的城镇，硬是查明了事实，女孩是被拐走了。
村长也是气的捶胸，联合了以前的朋友，带着不多的盘缠，离开了这辈子待着的村镇，硬是去城里的大街小巷寻找女孩的踪迹。途中遇到了零队的成员（《七曲》中的夏墨茹），一其努力下，才找回了女孩。但是女孩最后还是被墨茹接走了，毕竟山区没有什么能吃的。不过墨茹答应的也在后来一一实现。）
原剧中，远航在第一季度收集了“世界树之种”，“始源之水”，唯独缺了“蕴风之土”。本意是在第七季度《30岁》中，重塑世界树，因为篇幅原因，会在后期的剧场版放出。
第一季中暗藏了一个支线，如果有意便可发现。在第八章：流云茶间，他们遇到了说书人，自此远航便获得了与“紫金科技帝国首领”见面的机会。因为是一整个科技帝国，其首领自然就是留在最中心的人工智能，“他”管理着整个城市。
同时，引出第二剧场版：“人，神，以及动物”，这是唯一一章剧场版以连接上一章故事的形式出现。故事的开始便留下了伏笔，远航的时间在此刻上锁。故事简述了不同物种，不同生命，在经历着的不同生活与周期，或许神从未存在，但是每一种生命，都是一场旅途。故事结尾时，时间锁并没有解开，而远航已然在此时的真实世界死亡。
故事继续，远航依旧在房间醒来，一切都是那么的真实，而背后则是超级计算机推演着的未来。
后与伙伴玩了许久，主线剧情推进至魔羯座之旅，这是章独特的章节，旅程分为三个剧场版，第一章为：前剧场版讲的故事，（远航的不同人生，以及躲入月球，逃避地球的冰河时代），第二章讲述的是：远航读取章玥玥的记忆（她曾经历过的事，以及她为旧人类的故事），第三章讲述的是：玥玥离开后，远航听到了其绯色丑闻，并处理完发现是乌龙的故事。故事额外提到了玥玥现在的情况，因为远航借用虚拟的形式再次见到了她，告诉了她事情的原委，其实远航自己也没想过能再见。
魔羯座同第二季度：pVp（后更名为扩展模式），一起结束。
第三季度与第四季度并为（血色天空），前季度引出了世界树之战，其实是因为在异世界时空下，紫金科技帝国已经掌控了精灵国度以及世界树，所以精灵王族们召集了所有的人来围攻其统治，避免外族人控制了世界树，从而控制他们所有人。但是文章讲述的正面，所有黑暗面并不直接。但是结果也如预期，紫金的首领“他”，所挑选的远航赢下了这场战斗。
第三季中额外引用了大世界观下的“灰色城镇”（其实是个小国），其特工队伍“零队”特地来此调查，不过并没有能成功打入核心，“他”也开始关注起了其小国的动向。
第三季上旬（众矢之的）结束，引出下文全面的开战（赤色洪潮）
赤色洪潮便是紫金帝国全面入侵的开始，在不同的世界，不同的时空，他们立下了一座座高塔。（就像是发一枚宇宙飞船去其他星球，只不过他们做的更多，能跨时空与世界。）高塔本身隐匿于世，本地人很多都拿这些没有办法，而紫金的野心也在此刻开始膨胀。远航虽说是去调查，但是不论怎么找都找不到，因为高塔落下后就会光学隐身。不过好在功夫不负有心人，其中的一座塔被发现了，他联合了当地的人们摧毁了这座。不过，谁又能说好未来呢？
暗线：这一季度没有剧场版，全篇都是直白的形式讲述经过，但是事实全是被隐藏的。同时，所有本季度章节（除最终章前），皆为两字章节名，多于两字的便是关键章节，讲述真实世界与虚拟的交互。
季度末端时，紫金的首领也不再隐藏，让其两人能真正的进入现实的世界，虽说是拟造的机器人，但其实就是戴在头上的脑部操控装置。这也是这一季度的核心，那座塔所发射的目的就是控制其他国度与时空。（可以想象成红警里面的心灵控制塔）
在现实中，他们其实是救了被关押在此的调查人员，而在拟造的现实中，他们找到了邬遐。大世界观中，深蓝帝国陨落（总统被控制）。后面他们与刘静宸的结束是很奇怪的，就像是不了了之一般，随着时间的推移，牛仔很奇怪的将其解决了，但是牛仔本身就不是什么大人物，所以这个漏洞应该很容易被发现。
剧情推入最后一个季度，合宿的夏季。
季度开始便说明了情况，一切演算都将结束，此刻世界中的人开始变得极为稀少（为了节省算力）。其实如果不缩减剧情，这是在远航三十岁发生的事情，但是缩减后的剧情也会在日后谈的剧场版出现，这里只是将故事主线与前一季度融合了。
此季度讲了远航为了备战众星杯做了决定，他们将住在一起一个夏季，天天训练和联系配合来迎接即将到来的比赛。但是故事现实与科幻参半，远航的思想一直将一切往现实拉，而演算的未来更偏向于异我世界。正如其中几个章节的名字：人造的未来\/被规划的未来。可惜的是，星妍没有留到最后，因为AI自动默认星妍非必要，其他的两位：玥玥和剑客也逐渐远离。最后的比赛也只是他们三人完成的。
直到一切推演结束，算力达到了极限，远航也在此刻醒来，等待着他的是“他”给的选择：
重新开始生活\/永驻于虚拟中
（伏笔回收：远航有复活币）