刚在宝可梦中心收拾好东西的小智三人，打算拜访完芥子兰博士后就返回缘之市的。可是刚要出门，小智的手机便响了起来，小智看了眼是竹兰打来的。
竹兰详细的跟小智说明了事情的经过，电话挂断后，小智三人就赶往神和镇的历史研究所。路上小智也跟小刚和小光说明了事情了，金刚宝珠被银河队偷走，与此同时帷幕市的陨石也被带走。如果小智猜的不错，银河队的下一个目标应该就是白玉宝珠了。
竹兰也正在赶往神和镇的路上。
小智三人赶到历史研究所的时候，此时的大门口已经停靠着数辆的警车。神和镇的历史研究所是建立在神和遗迹的前面。竹兰也已经赶到了，她和君莎小姐以及一个老婆婆此时都站在门口的附近，竹兰看到了小智三人，道：“小智，你们来了！”
小智道：“竹兰小姐！！”
站在竹兰身边的老婆婆看向竹兰，问道：“这些孩子是？”
竹兰介绍道：“奶奶他们就是我跟你说过的，小智博士、小刚以及小光。小智我来跟你们介绍，这位是我的奶奶芥子兰博士，同时也是神和镇历史研究所的所长。”
芥子兰笑道：“你们好，我就是芥子兰。请多指教了，小朋友们！”
小刚刚想上前，但似乎觉得哪里不太对，回过头的时候就看到了蹲在他身边的不良蛙，今天不良蛙的状态也不对。小刚道：“不良蛙你怎么了？”
小智顺着不良蛙看的方向释放了波导之力，果然在不远处找到了镇星的波导，不仅如此遗迹里还有些鬼鬼祟祟的家伙。
芥子兰道：“小智博士现在可是神奥的名人了，还打败了梧松那个小子。不过你还没有跟我孙女对战过吧！很大的概率也是输吧！”
小智只是笑笑道：“大概吧！芥子兰博士，白玉宝珠现在还安全吗？”
竹兰道：“目前来说还是安全的。现在全部神和镇的警力已经将历史研究所全部包围了起来。”
小智低声在竹兰的耳旁说了几句，竹兰也不敢掉以轻心，就先去安排人手了。
在不远处的银河队成员认出了小智，上次在帷幕市的计划要不是小智也不会多费这么多的力量。那个银河队的成员道：“镇星大人，第一阶段出现了E级障碍！”
镇星接过望远镜，看到了历史研究所门前与竹兰并肩站立的小智，要知道有着冠军级实力的训练家和本来就是神奥冠军的竹兰，两人联手可真不是好对付的，更何况小智手里还有神兽了。但是现在已经只差白玉宝珠，花了这么多的时间与精力，银河队对白玉宝珠势在必得。
镇星对着无线电道：“G1向G2报告，已确认造成E级警戒的原因，是之前在随意遗迹还有帷幕市妨碍我们计划的那个小鬼出现了。”
无线电的那头传来的声音，却显然很轻松，道：“那不挺有趣的吗？”
这次虽然要对付小智和竹兰的麻烦不小，但是银河队的准备也是很充足的。
镇星道：“那这一次把后援计划加进预定计划当中，继续执行第一阶段。”
“了解！”
竹兰得到了警员的汇报，道：“小智，现在在遗迹中也已经将人手布置了下去，这次银河队敢这么明目张胆，也就说明针对我与你已经做好了充足的准备。”
小智道：“明白。”
这时一个穿着西装的大叔，从车上走了下来，对芥子兰道：“芥子兰博士！”
芥子兰笑道：“今天的客人还真是多啊！这下又多了一个毛头小子。”
竹兰道：“小智，这位是赤日先生，支撑着神奥产业的名流。神奥的许多大楼、图书馆等，都是这位赤日先生出资建造的。”
赤日道：“还劳烦神奥的冠军介绍我，真是荣幸。大家好，我是赤日。不敢当竹兰小姐的夸奖，我现在只不过是一个研究神奥历史的新手罢了。”
小智微笑不语，这次居然银河队的老大都亲自来了，看来对白玉宝珠是势在必得的。
芥子兰道：“你八成是因为担心白玉宝珠才来的吧！”
赤日点了点了头，道：“您还真是明察秋毫，我看到了金刚宝珠的新闻，实在坐立不安我就过来了。”
小刚插话的，拉起竹兰的手，道：“至于小生，则是为了守护竹兰小姐和白玉宝珠才赶来的。”小刚愣了一会儿，怎么今天的不良蛙还不来，他转头看向一直盯着赤日的不良蛙，收起了满口花花的态度心下也认真对待了起来。
在芥子兰的带领下众人走进了历史研究所，里面的书籍就跟海洋似的，给人一种浩大的感觉。芥子兰向众人介绍道：“神和镇在很久以前就跟帝牙卢卡和帕路奇亚有着很深的渊源，在研究城镇的发展根源过程中，资料与书籍也就越来越多，就变成了你们看到的这样。”
穿过一排排的书架，来到了走廊的尽头，芥子兰推开了最里面房间的门，一幅呈现出三角形形状的壁画进入小智他们的视线。这幅壁画的中心一个金色的球形似乎散出光芒将三角形的三个角照亮一般。而这三个角上雕刻的宝可梦正是艾姆利多、亚克诺姆和由克希。
小光惊叹道：“哇，好壮观的壁画啊！”小光也看到了壁画角落上雕刻的宝可梦形状，道：“这是......我们以前曾经看到过的那只宝可梦吧！小智你说过好像是叫艾姆利多对吧！”
小智点了点头。
竹兰三人惊讶的看向小光，芥子兰急忙问道：“你说什么？小光你是在哪里看到的？”
小光道：“就是心齐湖，我与波加曼踏上训练家旅程的那天看见的。虽然看的不是很清楚，小智对吧！”
小智道：“我能确定是艾姆利多。我和皮卡丘在立志湖也看到了亚克诺姆。既然神奥传说中的宝可梦的其中两只已经被我和小光看到，那么最后一座湖，切峰市的睿智湖中的由克希，也就不是传说了。”
竹兰道：“真是惊讶，你们居然看到了它们之中的两只。”
小刚问道：“那么中心这个金色的球是什么意思呢？”
竹兰道：“经过调查应该是白玉宝珠或是金刚宝珠。”
赤日提议道：“博士，让小智博士和小光小姐他们两个见过艾姆利多和亚克诺姆的人去看看白玉宝珠说不定会出现什么意想不到的反应！”
赤日的提议，让芥子兰博士也很感兴趣。小智从一开始就观察着赤日的行动，在暗中已经让玛夏多和梦幻做好了准备。
保险库中，白玉宝珠映入众人的眼前。