王道纯派遣中军沈廷谕、参将陶廷鑨率数千人偷袭阮城店。
大军压境战争一触即发，孔有德他们时刻准备着。朝廷的兵马偷袭不成反中埋伏溃不成军，史书称“皆败而走”。
主战派大吃一惊，这才知道山东新军是块硬骨头，意识到要想剿灭新军必须付出惨重代价，这是到处漏风的朝廷难以承受的。不少欺软怕硬的家伙立即改换门庭变成和平主义者，像余大成一样极力避免交战，力主以招抚的方式挽回损失。他们不曾想到他们的行为给朱明朝廷造成更大的损失。当然损失的是国家民族，他们自己的损失短时间内一点没有。
对峙双方已经大打出手，挑起战争一方军队突然遭自己人掣肘不准打，这显然是将前线军队的生命交与敌手，敌人若不趁机反击就是白痴。
王道纯的偷袭军队大败而归，但他成功的诱使孔有德等人认定朝廷剿灭他们的军事行动迫在眉睫，为求自保只能先下手为强（事实上他们是被动反击）。
脸皮已经撕破，退路已经断绝，新军再无顾忌，重新进行编制，大家推举孔有德为都元帅。孔有德以“九成父子材武，且有首事之勋”让贤，自居为副。
李九成正式扯旗造反建立军政府，自封都元帅，用缴获的登莱巡抚印号令天下。孔有德为副帅，耿仲明为都督，山东新军上下一心反抗朱明暴政。
大战爆发朱明朝廷依旧精神分裂，在剿抚之间摇摆不定。前线明军正值新败，受此影响士无战心将无战意一片松懈。李九成趁机分兵数路攻掠州县，自己更是亲率大军，亲冒箭矢攻克黄县。
新军主动出击震惊朱明朝野，他们方才意识到掌握国家机器的他们拥有逼反军民的权力，反抗的战火一旦点燃，他们就没有权力决定什么时候结束？以什么方式结束？
为挽救危局，明廷任命徐从治为山东巡抚，谢琏为登莱巡抚。按照分工，谢琏在莱州城指挥作战，徐从治坐镇青州负责增援、后勤，不曾想徐从治为安抚民心也进驻莱州。
莱州城所处的地势并不十分险要，但是莱州城是在万历二十六年重建的新城，孔元化还参照了西洋筑城法进行加固。
莱州县志上说城墙“周九里，高三丈五尺，基厚两丈四，门四座。东曰澄清，南曰景阳，西曰武定，北曰定海，城下为池，深两丈，宽四丈。”
作为辽东的另一个后勤基地，城中的粮草、兵器应有尽有，美中不足的是重型火器较少，大多是国产的轻型火炮，而且懂得操作火炮的士兵不多。后来随着徐谢二人赶来的兵马补足这一缺陷。
莱州城在朱万年的严密部署下，井然有序戒备森严，徐谢等人正是有见与此方敢来此坐镇。
莱洲知府朱万成从来不认为自己是压垮新军忍苦负屈骆驼的最后一根稻草，是导致吴桥兵变的罪魁祸首之一，反而认为自己明见万里，是早就看出孔有德长有反骨的干城良臣。
李九成首战告捷意气风发，亲率大军将莱州围的水泄不通。他这一招将徐从治、谢琏两位巡抚，莱州知府朱万年，还有从通州来援的总兵杨御蕃全部包围住。明廷前线的高级官员被一网打尽，各路援军顿时陷入群龙无首的尴尬局面。祖大寿被困大凌河是因为满洲骑兵来的太快他逃之不及，这些人平白无故自陷绝地十打十的愚蠢冲动。
为攻克莱州，李九成调来几乎所有的红夷大炮，从四面向莱州城轰击。新军炮兵都接受过葡萄牙军官的训练，炮打的特别精准，轰击城墙垛口这样的静止目标如同打靶一般轻松。只是慑于城中炮台的反击火力，红夷大炮不能靠太近，威力大减迟迟不能击垮城墙。
孔有德对这种没有技术含量的攻城战一点兴趣都没有。开弓没有回头箭，既然已经造反，那么就将造反规模尽可能扩大，吸引尽可能多的明庭官兵到来宰了，给孙元化大哥报仇雪恨，给师兄高迎详、师姐刑红娘他们减轻压力。登州毗邻大海，港口舟船无数，打得赢就打，打不赢乘舟离开，怕个球。张无忌祖师爷说过修道者禁止用神力杀戮普通人，既然我不能出手杀人，那我就去找人，找尽可能多的人反朝廷杀官兵。招集旧部的地方首推东江镇。
孔有德驾船来到皮岛，惊讶的发现这里已经打成一片。
兵部户部截留军饷，黄龙搜刮地皮，国际贸易被彻底废止，皮岛境况更加恶劣，每天都有百十人饿死，反抗的压力不断集聚。孔有德他们反击朝廷的偷袭，将之轻松击溃，有力的证明自己造反的坚决和力量。受此鼓舞，与孔有德交好的东江镇旅顺副将陈有时和广鹿岛副将毛承禄（毛文龙从子）起兵响应登州新军革命。哪里有压迫哪里就有反抗，皮岛军民影从云集，队伍很快发展到七八千人，割据半个东江。
总兵黄龙猝不及防，一时间陷入人民战争的汪洋大海，只剩下皮岛单基地和几个游击在苦苦支撑。
尚可喜本想同战友们一起揭竿而起，想到孔家寨兄弟，东江镇战友全部参与造反形同孤注一掷，一旦失败必定全军覆没，两家传承就此断绝，自己不如暂时隐忍以待来日。
黄龙能够爬到总兵的位子自然有些能力，“急遣尚可喜、金声桓等抚定诸岛，而躬巡其地，慰商民，诛叛党，纵火焚其舟”。陈有时、毛承禄不能抵挡，决定退走登州与新军主力会合。孔有德恰在此时到来，他命令高成友防守旅顺，阻断关宁、天津两镇援军，为新军赢取时间。
黄龙不得不调动游击李维鸾和尚可喜攻打旅顺，高成友死战不退，都元帅李九成同样陷入苦战。
面对来势汹汹的山东军队，徐从治、谢琏、朱万年、杨御蕃四位朝廷大员各守一座城门，李九成久攻不下。孔有德指点他当分兵，率领新来兄弟攻克平度，然后以得胜之师集中炮火主攻城池一角。尚若依旧无功，就在炮火的掩护下挖地道，灌入火药炸塌城墙。
山东新军和朝廷大军都在攻城，同样不克，战事一时陷入胶着，流言开始在中原大地传播。
朝廷诋报公开声称：李九成和李应元（千总）父子劫有德而叛，且返登沿途攻破六城时，皆以九成为前驱，故有德虽为叛军的直属带兵官，但却以「九成父子材武，且有首事之勋」而让先。
时人有称：“虽孔有德肇乱于吴桥，而造谋桀鷔，为众逆之所推戴者，李九成实居孔有德之右，故其挺身率贼，抗我王师，凶恶至极。 ”
于是天下人皆知李九成为山东叛军首脑，孔有德反而没有引人注意。同样，孔有德他们造反的原因也没有人注意，更没有人在乎。
皮岛战友的到来在一定程度上缓解李九成兵力匮乏，但是与明庭不断赶来的平叛大军相比山东兵马依旧太少。都元帅李九成需要大量可供消耗的炮灰兵。
孔有德将在登州搜刮的财物拨出数十万金拿来犒赏辽东沿海诸岛，不论是自立门户的孔家寨兄弟、东江镇战友，还是称霸一方的山贼海盗，一概诱令同反。
那些人大多出身贫苦，对剥削压迫他们的朝廷只有仇恨没有忠诚，更加没有长远眼光。见到李九成连战连捷，又被大把的银子迷住心窍，头脑一热就跟着造起反来。
辽东半岛沿岸的鹿岛、石城岛等地的兵民均叛，但旋遭黄龙镇压。岛屿军民纷纷渡海投奔登州，李九成手下兵马很快超过两万。他拿下平度县后气焰更加嚣张，按照孔有德的指点开始挖地道。
莱州城四大高官有三个热血冲动不懂军事，杨御蕃却是熟读兵书身经百战。他在城中埋设数口大缸，让耳力异于常人的盲者俯在那里倾听，从中推算出地道的方向后采用你挖坑我也挖坑的方法，剖开地道引入护城河水，淹死不少登州兵。
李九成集中火炮与一角猛烈轰击城墙，在炮火掩护下再次挖地道。这一次盲者们被大炮震聋耳朵没有听出挖掘方向，地道成功挖到城墙底下。李九成用棺材装满火药置入其中击发引火，城墙被炸塌数丈，山东军从城墙缺口处蜂拥而入。杨御蕃早有准备，命令守军向涌入的山东叛军泼下沸油，扔下火把，冲天烈焰下山东叛军死者枕籍。徐从治再命人投下早已准备好的沙袋堵塞缺口。
李九成损失惨重再次失手，好生郁闷。战士们攻城多日非常疲惫防御不免懈怠。莱州守军抓住机会派出敢死队悄悄出城，从几个方向出击，击毁山东叛军火炮多门，颇有斩获。
李九成大怒，决定夜袭报复，可惜连攻三次俱被打退。原来神机营参将彭有谟偷偷摸进莱州城教给守军新的操炮技术。正是在他的指挥下莱州守军才能半夜三更准确射击打退山东叛军的连续进攻，莱州军民称他有“再造之功”。
李九成对莱州束手无策，改强攻为围困，转而席卷其它州县，控制面积迅速扩大。
对于李九成的成败孔有德漠不关心，因为结果已定，就算李九成拿下莱州结果也一样，那就是伤亡过半后扬帆远航。山东距离北京太近，卧榻之侧岂容他人酣睡，朝廷绝不允许有人在这个地方裂土称王，他们绝对不惜调来百万大军剿灭山东叛军。既然结果已定也不用再为过程伤神，要做的就是保存嫡系实力。