压激进主义运动，在1794年，皮特政府更控诉三人犯有叛国罪，却均未成功。国会着手立法，禁言改革支持者。编写诽谤国家的出版物的个人会遭到处罚，在1794年，人身保护令被暂停。其他打压激进主义运动的措施有煽动性集会法令（Seditious meetings Act，限制个人在公众场合集会的权利）、1799年结社法（bination Act 1799，限制支持国会改革的党社规模）。而皇家海军人手不足的问题，皮特则在1795年引入了名额制（quota System）应对，作为对现行的强征制（Impressment）的补充。
小皮特继续治理国家的财政，并且十分成功，使1783年为74的三厘利在九年之后达到96以上。税收减少了，海军裁减了。然而灾难却接踵而至：法国人入侵比利时，并宣布斯凯尔特河为开放河，这是英国政府绝对不能接受的； 1793年法国处死路易十六，并向英国宣战。
1793年小皮特（中）在下院发表对法作战讲话 [6]
由于法国的财政地位虚弱，皮特预料这场战争不久就会结束，然而，这场战争出乎预料的拖了下来，尽管霍雷肖·纳尔逊在尼罗河口的阿布基尔海战中打了胜仗，情况也没有好转，小皮特没有他父亲那种善于制定战略的才干，他为对付法国组织的三次反法联盟（第三次在第二任期）都瓦解了。但是他的演说仍然能打动人心，虽然西德尼·史密斯说：“在每一次杰出的表演结束时，不是一次远征失败了，就是一个王国陷落了。”
只要国王还赞成他，小皮特就安然无恙，因为乔治三世像上一代辉格党地主那样，已经建立起能控制议会选票的权势。1798年发生了一起看起来耸人听闻的事件，小皮特指责一名叫乔治·蒂尔尼的反对党议员有意妨碍公务。蒂尔尼向他提出决斗挑战。蒂尔尼是个富翁，出生在直布罗陀，父亲是爱尔兰人，由于某些神秘的原因不居住在英国。他是个聪明的辩论者，但是他是商人阶级的一员，这一点不利于他在政治斗争中取胜。使用手枪的这场决斗在普特尼荒地当众举行的。两个人各向空中放了两枪，于是双方的自尊心都得到了满足，蒂尔尼继续在议会里攻击政府。
辞去首相
国王不太可能由于小皮特对那些同情革命的英国人采取的措施而批评他，尤其是发生在巴黎的恐怖行为和法国入侵等事件之后。这次镇压可能是最严厉的，也可能常常指导不当。但是爆发革命的危险确实存在，伦敦爆发暴乱的历史比巴黎还长，早在1780年就爆发过戈登暴乱。同国王的决裂起因于另一个问题——天主教徒的解放。
1800年，小皮特为解决爱尔兰的叛乱，提出爱尔兰合并法案和天主教解放法案。
1801年，小皮特将爱尔兰正式纳入联合王国，但由于乔治三世强烈反对天主教解放，国王认为，议会联盟是他在加冕誓言所禁止的东西。小皮特无奈辞职。议长阿丁顿在他同意下接替了他。与此同时，小皮特个人也囊空如洗了。他的债务上升到4万英镑。伦敦财界的商人表示愿意赠送10万英镑，但是他谢绝了，虽然他接受了朋友们提供的1.12万英镑的贷款，他同时卖掉的霍尔伍德的宅邸。
小皮特一开始支持他的继任者亨利·阿