在给了中觉和尚一大笔钱之后，莫从烽将四个孩子委托给了他，然后和波风水门一起返回了桔梗山上。
莫从烽首先向三代火影汇报了任务经过以及后续反响，三代火影非常满意，当即给了这个任务两个S级评价。
莫从烽也不客气，提出要兑换飞雷神之术，毕竟飞雷神之术实在是太方便了。
三代火影犹豫片刻答应了莫从烽的请求，关于宇智波富岳的疑问，三代火影命令宇智波一族暂时观望，暂时不必返回，待形势明朗之后，再决定宇智波一族的去留。
波风水门与莫从烽互望了一眼，眼中的意思分明在说，莫从烽的判断没错，在三代火影看来，木叶还没有到达极限，没有到最后的关头。
波风水门再次前往汤之国传递三代火影的命令，而莫从烽则返回了木叶，首先从留守在木叶的转寝小春手中兑换了飞雷神之术。
然后，莫从烽返回了家中，看望了一下仍然留在木叶的二条和阿初，并带着二条探望一下木下一郎的妻子和儿子，留下一笔钱让他们稍稍改善生活，最后，莫从烽叮嘱二条，在大家都不在的日子里，他作为男子汉应该给木下婶婶帮忙照料好木下秀吉弟弟。
木下一郎现在正和奈良鹿久在草之国边境对抗岩隐忍者，时不时还有书信寄回，料想应该安全无恙。
阿初现在已经开始在木叶医院里工作，她现在是木叶医院一名医生的弟子，现在正在救治从桔梗山上撤回来的伤员。
二条已经独立开了一家小店，专卖天妇罗等一些小吃食，但是可能是因为战争的缘故，生意看上去不怎么样。
莫从烽只能安慰他一切都会好起来的，战争很快结束，到时候忍者们返回木叶，商业一定会重新繁荣，最后莫从烽给了他一笔钱作为支持，希望他能够坚持梦想。
最后，莫从烽去了一趟丙支队的据点，这里原来是莫从烽为丁支队买下的临时据点，当丁支队搬到木叶村外之后，这里被莫从烽赠送给了木下一郎给丙支队使用。
现在这个据点里只有两名看守，莫从烽进入之后，打开隐藏的一处暗格，取走了自己复刻的存放在这里的禁术学习卷轴，这些禁术学习卷轴中的知识将会被分享给波风水门。
当莫从烽重新踏上旅程，返回火之国沿海附近与志那都彦等人汇合之时，秋天已经到来，一个震惊忍界的消息正在迅速传开。
云隐的三代雷影独自一人深入土之国刺探情报，被岩隐忍者发现，岩隐当即调动万名忍者使用集团忍术对三代雷影发起了围攻，三代雷影大怒，几乎杀死了这全部的一万名忍者，自己也力竭而死。
整个忍界大战的风向为之一变，云隐忍者结束了和木叶宇智波一族的纠缠，调转矛头兵锋指向岩隐，可是隔着大海他们也不能把岩隐怎样。
但是岩隐也因此兵力吃紧，调回了桔梗山下的忍者。
岩隐很快弄明白了事情的原委，增加了对从烽莫和波风水门两人的悬赏，从烽莫的赏金已经来到了四千万两，波风水门的悬赏也有了一千万两。
在确定了云隐不会再对木叶有什么威胁之后，宇智波一族的忍者部队趁机南下，开始扫荡了火之国沿海，雾隐忍者渐渐难以相抗，在枸橘矢仓的带领下，雾隐忍者们撤离了涡之国，暂时停留在火之国沿海地区，做最后的纠缠。
这时候战争的形势已经明朗，木叶取得最终的胜利已经有了明显的迹象，为了防止潜伏在外的情报人员在敌方主力败回后遭到清洗和报复，莫从烽给三代火影去信，请求收回情报人员。
三代火影同意了莫从烽的建议，这时候多次提供了重要情报，在多国搭建了情报网络的药师野乃宇进入了三代火影的视野。当然这其中有很多情报，是莫从烽无法说清来源时，将功劳安在药师野乃宇身上的。
三代火影高度赞赏了药师野乃宇这个情报人才，要求莫从烽一定要保住药师野乃宇的生命，她的情报经验将会是木叶很大一笔财富。
于是莫从烽亲自出发前往水之国，顺利接回了她这个情报人才，从这以后药师野乃宇有了个响亮的名号，叫做行走的巫女，传言她无论走到哪里，都能蛊惑一大群人为她所用，她也就能把情报网络搭建到哪里，她的忍术能力堪称巫女。
东线战场的残局已经交给了宇智波富岳，莫从烽则护送药师野乃宇返回木叶。
经过了这样的事情之后，药师野乃宇名声已经太大了，她已经决定放弃忍者生活，她打算继续在木叶孤儿院工作。
莫从烽对她的选择表示了尊重，并决定以后定期给孤儿院一笔钱，支持药师野乃宇的事业。
在距离木叶最近的那个夜晚，在一处火堆旁，药师野乃宇主动抱住了莫从烽，“从烽莫，你害苦了我！”
在那一瞬间，莫从烽明白了她的心意，只觉得她的手她的脸是那样的冰凉，莫从烽不忍心放开她，更舍不得放开她，想要把自己身体里的热分给她一点。
可惜的是莫从烽无能为力，他无法做到更多，两个人就这样相拥了很久，莫从烽一夜无眠，药师野乃宇反倒沉沉睡去，莫从烽数着她眼睛上微动的睫毛渡过了这个夜晚。
直到夜色消退，天色明亮，药师野乃宇悠悠醒转，莫从烽送她返回了木叶。
见到药师野乃宇返回，木叶孤儿院院长主动卸任，将院长的职务交到了药师野乃宇的手上。
当人们判断雾隐忍者们还要和宇智波一族的部队纠缠一段时间，为他们的盟友砂隐争取到撤退重整时间的时候，宇智波却甩下雾隐忍者不管，冒雪返回了木叶，并于木叶四十七年的第一天登上了桔梗山，发起了对砂隐忍者的反攻。
莫从烽参与了这场战斗，砂隐忍者们坚持了两三天就开始败退，他们一路败退到了川之国，在败退途中队伍编制被打乱，付出了巨大的牺牲之后，直到在留在川之国守卫大河的雾隐砂隐忍者们的接应下，砂隐忍者大部队才重新稳住了阵线。
在桔梗山下，木叶忍者们俘获了砂隐搜罗抓捕来的一批孩童，这些孩童都是经过了砂隐挑选颇具忍者天赋的幸存者，他们其实就是江户川一家那七个孩子没有遇到莫从烽的样子。
这些孩童的家人被杀死，被砂隐忍者们聚拢到了一起，如果没有意外，将来他们会被砂隐培养成忍者，为他们的仇敌效命。
志村团藏主张将这些孩童收纳入根组织，将来会训练他们成为暗部忍者。
莫从烽据理力争，坚持将这些孩童收入孤儿院，将来由他们自己选择是否成为忍者的道路，这是莫从烽首次公开化了与志村团藏的矛盾。
在波风水门的支持下，三代火影同意了莫从烽的选择，经过这件事，莫从烽已经叛离了志村团藏，站到了下一任火影的队列中。
莫从烽亲自将这些孩子送到了药师野乃宇的手上，药师野乃宇很喜欢这群孩子，其中一个聪明乖巧的，药师野乃宇还把自己的姓氏给了他。
战局继续发展，砂隐忍者们主动退过了川之国的大河，将川之国大河东岸的控制权拱手相让。
如果从木叶和砂隐岩隐雾隐联军的兵力对比来看，现在仍然是联军兵力占优，但是经过了在桔梗山下接近两年的消耗，在气势上，联军已经输了，木叶已经获得了胜机，战局已经逆转。