超梦:“游戏现在才要开始。抬手间无数颗类似于神奇宝贝球的黑色球出现在大肆捕捉神奇宝贝。
水箭龟用水炮驱赶这些球但也被球抓住，妙蛙花用飞叶快刀在不断攻击，其他神奇宝贝奋力反抗但都无济于事。
小智手中汇聚波导弹向超梦攻击，但被超梦的屏障挡下。
形态进化，心灵升华。喷火龙，超进化！光芒散去超级喷火龙上场
使用爆炎波动！
可超梦毫发无伤。
超梦:“为什么我抓不了你这只喷火龙。”
小智笑而不语。(凤王赐福身上有凤王的力量哪这么容易被收)。
超梦:“不说可以。\"超梦抬手间一招念力把小智打到那些球被回收的地方。
小霞:“小智!”
小刚:\"小智会没事的。”
漆黑的房间中。
火箭队在玩解密游戏，许多复制品完成。
喵喵:“尼多王、穿山王、水精灵，不过还是这喵喵最棒。”
小智:“这超梦下手真狠。”武藏:\"小鬼头!”
小智:“你们也在，不过现在不是陪你们玩的时候。\"小智使用念力但效果并不好。
小智:“系统出来破解。”在系统操作下，一份破解指南生成，小智成功攻破克隆机机器。顷刻间所有的神奇宝贝被放了出来。
小次郎:好厉害!”
小智:“皮卡丘，欢迎回来。皮卡丘蹭了蹭小智的头。胖丁等己方神奇宝贝全部围在小智身边。短暂叙旧后，所有的克隆体出来。
武藏:“都出来了。”
喵喵:“喵喵的复制品也出来。”
小次郎:“他们要去哪?”小智:“该去找超梦了。”房间内
超梦:“太弱了，以为对战的是还在封印状态下的我吗?”喷火龙被打倒在地。
小刚:“喷火龙我这就帮你治疗。”
乔伊:“我也来帮忙。”
小霞:“不知小智怎么样了。”
影子中玛夏多走了出来
超梦:“又是你”
玛夏多:“手下败将”
超梦:5打1才打败封印状态的我有什么好自豪的。”抬手间影子球袭来。
玛夏多:“那就试试看。”深渊突刺随即打破了影子球。
超梦:“这招如何\"精神击破正面打中玛夏多。超梦嘴角勾起一抹微笑。
这时玛夏多用暗影盗袭进行反击，随之变成全力形态。
超梦:“换个样子而已，还是没用。\"精神击破再次打来
玛夏多被击飞出去，撞在墙上。它挣扎着站起来，眼神中透露出不屈。
小霞\/小刚:“玛夏多!\"”
小刚:“不用再打了。”
众人怒视着超梦，这时小智带着所有神奇宝贝赶来。
小智:“超梦停手吧”
超梦:“是你把他们放了出来。”
小智:“没错，都是生活在这颗星球上的生命为什么不能和平相处。”
超梦:和平相处?
小智:“如果你想找对手，我随时奉陪!\"小智抛出了大师球一一火焰鸟登场。
超梦眼神闪过一丝兴奋，它期待和强大的对手战斗。
双方对峙着，战斗一触即发....
这时，小智开口了:“但在那之前，我们可以先尝试成为朋友。”
超梦愣住了，它从未想过“朋友”这个词。
小智接着说:“我的目标是成为世界第一的神奇宝贝大师我们可以和平相处，而不是互相残杀。
这时梦幻赶来众人都很惊讶
小智故作惊讶地看着梦幻，梦幻朝着他笑道:“好久不见”
超梦不解地看着眼前的一幕，它不明白为什么梦幻会和小智在一起。
小智向超梦解释道:“我们以前见过梦幻是我的朋友。
超梦:“虽然我的确是靠你才造出来的，但是强者是我。”双方开始打了起来。
火焰鸟大字爆炎！火焰打在它们中间才让它们稍微冷静下来
好了，住手不要再打了。”
梦幻来到小智身边超梦也停止了攻击。
超梦:“也许你是对的，但这个世界我还有很多不明白的地方”
小智:“那就带着复制品他们离开，去感受这个世界。”
超梦:\"下次再见，我们就是朋友。”
小智:“没错，朋友。”
超梦和梦幻带着复制品们离开
小智:超梦再见！”一阵白光所有人回到神奇宝贝中心
除小智外所有人都忘了关于梦幻和超梦的事，一切似乎都没有发生。但对超梦来说是种新的开始。
之后小智一行人见了四天王之一希巴，看着他收服了巨大大岩蛇，也经历了超古代神奇宝贝事件经历几天训练后，也帮路人训练家找回徽章。石英高原近在眼前，石英大会将开始。