在成功采集完复仇女神1号的样本后，苏星云的任务已经完成。他掌握了生化危机爆发的第一手完整资料和特殊实验体的样品，这标志着他已经完成了国家交付的任务，现在可以回国复命了。
然而，就在苏星云离开现场两分钟后，张大校紧急联系上了他：“苏星云同志，注意！你当前方位东边40公里处，有一架大型轰炸机正朝你这个方向驶来，请立即撤离！”
苏星云闻言，立刻爬上了一座高楼，利用他比常人敏锐三倍的视力，观察到了远处移动的光点。他深知，这绝非圣诞老人的礼物。他心中不禁对刚刚从复仇女神1号魔掌中逃脱的警察队伍和本应在生化危机3中存活下来的黑人L.J.产生了怜悯。
三分钟后，巨型轰炸机投下了一个庞然大物。那是一枚长12米、直径3.5米的巨型炸弹，苏星云在500米外就已经认出了它的真面目——一枚大型云爆弹。他曾在网上听说过，这种炸弹的威力堪比小型核弹。
苏星云迅速卧倒，准备欣赏这个人类制造出的最大常规武器爆炸的壮观场面。炸弹在距离地面三十米的地方爆炸，第三代云爆弹瞬间释放出云雾炸药和轰爆效果，强光闪过，一个五十米范围的巨大火球出现。高温冲击波立刻点燃了一百米内的一切可燃物。
冲击波迅速横扫三百米范围，正在转移途中被丧尸困住的黑人L.J.和一众警察被卷入其中。他们也算幸运，倒地后不会再感受到被丧尸撕咬的痛苦，因为他们的大脑和五脏六腑已经被瞬间的气压波震碎。
尽管苏星云处于500米外的安全距离，但爆炸产生的大量杂物仍向他袭来。他身边的木栏杆被冲击波从泥土中拔起。这枚超级炸弹对丧尸的伤害相对较小，因为丧尸的身体组织比人类更为坚韧，脑组织也早已失去了大量供血，只需保持微弱的电流信号即可存活。云爆弹的震波对丧尸的影响微乎其微，苏星云甚至感应到一些被冲击波推倒的丧尸已经开始摇摇晃晃地站了起来。
苏星云开始深深担忧起保护伞公司即将投下的核弹究竟会产生何种影响。它会更多地消灭丧尸，还是会因烟尘扩散而加速病毒的传播？然而，他这忧虑的情绪很快就被眼前的糟糕现状所打破。
张大校确认苏星云从云爆弹袭击中幸存的消息后，用沉重的语气向他通报了当前的情况：“保护伞公司已经出动了十八架F16战斗机向浣熊市上空驶来，同时还有一大批无人机从跑道上起飞。我建议你，千万不要试图驾驶直升机离开浣熊市，现在整个城市都已经被严格封锁。”
苏星云立刻回应：“我可以上天充当武装直升机，下海能兼职潜水艇，在陆地上也能客串一把主战坦克。只要给我情报，我就一定能活着回来。”
张大校沉默了一会儿，冷冰冰地回答：“鉴于保护伞公司已经动用了巨型云爆弹，核弹攻击也不是不可能的事。祝你好运。”
苏星云突然意识到自己刚才的话有些嚣张，可能得罪了不该得罪的人，于是连忙道歉：“刚被炸弹炸过，脑袋有点不清醒，请张大校见谅。”
张大校的语气缓和了一些：“没事，你多加小心就是了。”
由于自己的直升机无法使用，苏星云决定按照电影剧情中的套路，去抢夺保护伞公司的直升机。他急忙向中央幼儿园赶去，为了减少被丧尸阻挡的几率，他提高了移动速度。起初他打算用念力悬浮的方式赶路，但很快就被天上的无人机发现。
十分钟后，两架大型轰炸机飞来，投下了两颗巨型云爆弹。这次，苏星云离其中一个爆炸点只有70米，强大的冲击波将他推飞了30米才停下，大量血管被震破，脑组织的十分之一出血。幸好，苏星云的意识依然清醒，因为他的意识不仅仅依赖于脑细胞储存。然而，脑组织关系到念力的产生，所以在接下来的三个小时内，苏星云的念力只能举起500公斤的重量，减少了一半。
由于天上有无人机监控，苏星云只好在阴影中潜行。他好不容易赶到中央幼儿园，却发现这里已经因为煤气爆炸变成了一片废墟。显然，爱丽丝已经先一步找到安吉拉并离开了。
这时，一架无人机飞过来拍到了苏星云，他立刻拿起防空加特林机枪对天上的无人机进行扫射，将其击落，然后迅速逃离。三分钟后，一颗云爆弹在这里爆炸。保护伞公司对苏星云这种无法控制的强大单兵力量采取了“不属于我的就灭掉”的政策，天空中不断有大型轰炸机在为苏星云“值班”。
苏星云现在陷入了被打压的困境，他小心翼翼地向中央大厦移动。这时，爱丽丝已经在指挥官的逼迫下与马特变成的复仇女神展开了决斗。而苏星云在下水道里艰难绕路，错过了这场大戏。当他赶到时，张大校传递给他一个非常不好的情报：原本在空中值班的战斗机和轰炸机开始退走，三架大型轰炸机正在起飞。
苏星云立刻从下水道钻出来，不再顾及天上的无人机，迅速向中央大厦赶去。此时，爱丽丝驾驶的保护伞公司的飞机已经飞出了五百米。爱丽丝看到了苏星云，但理智的人都不会回头去接应。
苏星云在丧尸群中用念力捞出了被啃得只剩半口气的指挥官，大声问道：“核爆的目标在哪里？”指挥官嘲讽地看了苏星云一眼，说道：“去死吧。”苏星云气的立刻将指挥官扔回丧尸群中。
就在这时，张大校用急促的声音传来：“已投弹，三十秒后爆炸！”苏星云边跑边喊：“快给我标出可能的爆炸范围！”
张大校迅速将地图信息发送过去，电子屏幕上立刻出现了三个重叠的大圈。苏星云清楚，在剧情中，这座大厦本应是核爆点。然而，现在剧情发生了改变，三颗核弹即将爆炸，而他悲剧地发现自己正在朝着三枚核弹爆炸形成的三角形中心方向逃去。
时间紧迫，苏星云运用超感全力搜索在这个由三个核弹组成的三角形中最适合躲藏的地点。他找到了一个城市中心的下水道总枢纽，位于地下三十米深处，距离最近的一颗核弹爆心大约45米。
顾不得多想，苏星云挥起炼心剑砸碎井盖，毫不犹豫地冲了下去。在他躲入地下1.5秒后，三颗核弹在浣熊市上空爆炸了。
5000吨的核弹爆炸威力究竟有多恐怖？一个直径70米的离子态火球在空中显现，500米范围内，被强光照耀的水泥面上立刻升温，石灰石在高温下分解成粉末状的熟石灰，水泥地面表面瞬间被分解出三十厘米厚的粉末层。
然而，这个粉末层并未存在太久，无坚不摧的冲击波随后席卷而来。这三颗核弹采用的是离地200米的低空爆炸，强大的推力将核爆中心的一切建筑物夷为平地，并在地面上留下一个直径三百米的弹坑。至于三百米之外的水泥路面，则像是被按碎的饼干一样寸寸碎裂。
苏星云躲藏的地方距离最近的核爆中心只有560米，最远的也有830米。尽管他现在堪称超人，但在核弹这种人类最强的破坏力面前，他也不禁瑟瑟发抖。碎石不断落下，最后整个下水道空间塌陷了。
此时，张大校正在向上级汇报：“由于电磁辐射干扰，现在已经与信使失去联系。”电话那头沉默了一会儿，问道：“信使有存活的可能吗？”
张大校回答：“信使在核弹爆炸的最后25秒内一直在逃亡，目前没有绝望的情况。”
电话那头的声音有了些许起色：“继续观察30个小时。”
苏星云此刻在下水道里，被下落的水泥板砸得血肉模糊。尽管处境凄惨，但他心中却充满了庆幸，自己竟然存活了下来。他从识海空间取出金属块，作为支架撑起了一片空间，花了几个小时对自己的身体进行复位。一个小时后，苏星云终于恢复了行动能力。
此时，核爆刚刚结束两个小时，整个浣熊市除了少数还在喘息的丧尸，再无其他生物。苏星云开始缓慢地向上爬，由于身上有伤，他无法快速逃离。经过五个小时的艰难跋涉，他终于来到了地表。
眼前的景象宛如一片废土，强烈的辐射让苏星云感到身上微微刺痛。不过这点辐射对他并无大碍，只是会打乱一些染色体，而苏星云体内的机制能够识别并修复这些错位染色体，因此不会产生辐射病。
苏星云摇了摇头，立刻离开了这片废墟。逃离浣熊市300公里后，他再次与国内取得了联系。张大校对他的幸存感到十分高兴，并立即向上级汇报。不久，种国军方为苏星云设计出了一条安全的回家路线。
苏星云第二次来到美国，主要是为了寻找一些私货，比如保护伞公司的克隆技术，他对此十分感兴趣。然而，这一路上他当特工当上了瘾，不仅没得到想要的，反而差点丧命。