朱清时的所谓“量子真气”，其实在科学上面早就解释的清清楚楚。中国中医科学院气功研究室主任张洪林教授指出，朱清时信仰的就是伪气功， 他所谓的“气感”不过是一种幻觉。
我与中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所的一位研究员对所谓的“真气”“超自然体验”进行过谈论。很多专业人员都把朱清时的个体体验当做客观现象来研究，从生理学的角度解析。
实际上，为什么很多气功修炼者最后发展到患上精神疾病，就是因为气功本质上属于有民族特色的心理暗示疗法，如果练习者操作不当，就会人为的诱发为精神病人。虽然一些人事先也知道危险，但由于冥想并没有“安全标准”，所以“出偏”概率依旧很大。“出偏”就是气功范畴内的走火入魔，在医学上指的就是精神疾病。
我们多次看到，朱清时一个人在台上侃侃而吹，台下一排排坐着给他鼓掌的没有一个是物理学专业人士，全部是光头的出家人。出于“僧赞僧”的心态，这些出家的“利益共同体”当然拼命为朱清时鼓掌。但是我也直接认识几位佛门的高僧，他们也从内心里反对朱清时的说法，认为他既不懂科学，也不懂佛学，但不好意思公开反驳而已。
科普作家吴京平则指出：
现在来看，朱清时的真气说，恰恰就缺乏科学检验的必要环节。从媒体报道的讲座来看，朱清时在“自己发现真气的过程”和“解释真气的来源与功效”的阐述中，不乏《达摩禅经》和物理学理论“麦克斯韦妖”的“跨界融合”和“相互成就”。但严肃地说，前者是宗教经典，后者则只是物理学的理论雏形，两个完全不搭的概念，却“会师”在真气修炼之说中，并被赋予了解析与论证该言说的使命，这恐怕是让两边的拥趸都难以接受的。毕竟，这样的混搭，实在是太过感性了。
此外，朱清时想赋予真气“必须摆脱热力学第二定律的限制”的美好愿景，也显得令人难以置信。倘若果真如此，那石油、煤炭等产生热力的资源就可以从此退出历史舞台了，靠真气进行力量牵引，世界就美美与共了。愿望固然美好，但很多已被科学论证的真科学，就现阶段而言是不可逆的。诚然，为打破人类发展的瓶颈，科学家们必然是大胆假设，小心求证，但也都是目光所及的，而非跳跃到脑洞之外，让人无处下脚立足。
倒是有一点是非常明确的，朱清时说他从2004年开始练习呼吸法门，直到2014年他卸任公职，心才真正安静下来。退休带来的身份大转换，对于压力如影随形的社会精英而言，是一种释放，也随之会带来一身轻的愉悦和放松。从这个小切点而言，“拿得起”“放得下”的心态有利于身体健康，这是医学常识。但如果把快乐都归功于真气修炼的话，怕是少了些科学兼听则明的公允。这应该不是一个科学家的风格。
朱清时院士对于化学领域学科的造诣，这是无需赘言的。他对于真气修炼的个人兴趣爱好，别人也不能置喙。但在尊敬和认同之间，大众更期待在公共场合看到一个能用科学道理来解惑的朱清时，这利于科学的传播效应，更是遵从于科学验证的因果关系。而他对于真气的修炼感悟，大可作为同好之间的私下分享，但要把它推介于公众时，还需三思。毕竟，在讲座上说出“初步试验结果表明”“可能存在”这样的词汇，实在和一个科学家身份不符。
我的朋友，天体物理学博士孙正凡也撰文指出，朱清时院士是在用科学给伪科学化妆，直斥朱清时就是在宣扬迷信和伪科学。这篇文章对朱老先生的观点和论据进行了逐一的驳斥。老孙的几个主要观点是：科学规律不可以到处滥用，科学与宗教的思考范式无法通约，用科学证明宗教存在致命的危险。最后老孙的结语是，朱老先生其实就是发明了一种量子巫术而已，伤害的不仅仅是科学，对宗教也一样是一种伤害。
物理学家旭岽则撰文指出：
科学是有明确边界的，这是一套经过反复实践检验，行之有效的，用于我们去正确认识这个物质世界的方法。科学研究的都是可证伪的问题，那至于在科学的边界之外到底是什么，这并不是科学的事。我曾经也在一期节目当中谈过，是哲学又或是神学是玄学，这都可以，但是这都和我们所讨论的科学无关，这是一个前提。
当然，如果说作为一名信众试图用自己的知识储备来参悟交易，或者说试图去解释一些超自然的事情，也无可厚非。历史上这样做的顶级科学家也不少，远的有晚年的牛顿，近的有诺贝尔物理学奖得主布莱恩·约瑟夫森。可问题是，这些基于个人主观体验或者说是悟出来的东西，它并不是科学啊，更不能在信众之外进行所谓的科普，因为这样就成了传教不是吗？
尤其是头顶院士这样的顶级科学光环的人，在这个缺乏独立思考的有些快餐的年代，很多人就会因为这个头衔而直接将科学家所说的一切等同于这就是科学，就是经过了大量实证的科学，这显然会混淆不少人对于什么是科学的认知。
我们普通人都知道公众人物需要注意自身的形象，虽然说你在家里怎么样，你在私人的场合怎么样，这是你的自由，但是公开的时候你需要注意自己的言行。
同样的，头顶光环的科学家在宣扬自己对于个人信仰认识的时候，也应该注意界限在哪里。
如果在这个场合，而且是一个公开的面向非信众的场合，你使用头衔的同时又用了很多不科学的主观体验，试图去证明你信仰的科学性，那只能说不太妥当。
着名科普组织“科学声音”则指出：
我们对朱清时院士的这些做法当然是持反对态度的。我自己的观点比较明确，我认为朱先生顶着院士的光环，可是从他报告的内容来看，他并没有采用科学的方法来研究和验证他所要表达的结论。
我对伪科学的定义是：明明采用的并不是科学的方式，却要给自己贴上科学的标签。我作为一个科普人自然是要反对伪科学的。换句话说，这场报告如果是一位老中医或者气功师来做，我相信科学界也好，科普界也好，其实都不会有太大的反应，因为中医药大学事实上经常会有类似的报告。但这次是顶着院士光环的朱清时先生，那么对公众的影响就可能会非常大，对科学和科普的伤害也可能非常大，尤其是对世界观和价值观尚未形成的青少年，我认为会产生错误的引导。至于驳斥朱老先生的具体论据，我相信同样的话从一个正经的科学家嘴里说出来会比从我嘴里说出来更加有力度。
中科院高能物理所研究员张双南也明确朱清时的“研究”完全与科学研究无关。
朱清时一直强调说，他的“探索”属于“学术问题”，并非很多人所说的“伪科学”。但中科院高能物理所研究员张双南明确指出，“学术研究不一定是科学研究。”
张双南解释称，科学研究要符合“三个要素”，分别是科学的目的、科学的精神和科学的方法。科学的目的就是发现各种规律，科学的精神包括质疑、独立、唯一精神，而科学的方法要实现逻辑化、定量化和实证化，“很多学术研究不符合第三个要素的后两条，因为没有定量化和实证化”。
“有些‘伪科学’不但讲逻辑，有时候也比较定量，甚至也会写出来很多方程，但是所有的伪科学都不能通过严格的实证化检验。所谓的实验其实都是魔术、表演甚至骗局，根本经不起其他人的独立检验。”张双南说，科学是刨根问底，但伪科学本质上是骗局。
显然，朱清时的个人行为与科学研究毫无关系，纯粹是宣传迷信和伪科学。
针对朱清时的所谓“实修”，所谓“禅修让我看到了宇宙真谛”，心理学家殷融在文章中一针见血的指出：朱院士所谓“实修”出来的 “超自然体验”其实就是一种幻觉。他在文章中指出：
朱院士在多篇文章或报告中，都提到自己在学佛之后提高了认知能力，说自己通过禅修可以“认识宇宙真理”、“感受到超自然体验”，并宣称“如果修持到深度禅定，人脑可以进入高度有序化的超导状态，意识可以畅行无阻，意识场可能极其强大，可以感知到常人无法获得的宇宙真谛。”“人在禅定状态下，如果你能达到那种功力的话，你的大脑就像超导体一样，足够安静，一下子你的思维和你的意识就会变得比过去强大得多。”那么，朱院士所讲的这种神秘体验到底是怎么形成的？是否是他真的通过禅定或冥想可以认识到宇宙真谛？
其实，在很多宗教中，都有这种关于感受到宇宙真谛、天人合一体验的说法，而且有过这种体验的信徒其实非常多，他们的描述大致类似：经过十几年的修炼，可以在禅修、冥想或者祷告时产生一种忘我、丰富、愉悦、与更伟大的智慧融为一体的感觉。在上世纪90年代，这种说法引起了宾夕法尼亚大学神经科学家安德鲁?纽伯格（Andrew Newberg）的注意，纽伯格决定一探究竟，他找来了有过这种体验的修女及喇嘛作为研究对象。
纽伯格通过断层扫描术扫描被试的大脑，研究发现，当被试报告自己进入那种“超级状态”后，他们大脑的右顶叶发生了明显的钝化，右顶叶是人大脑导航系统的关键组成部分，当这一脑皮层活动减弱时人们会很难分清“我”和“非我”的边界在哪，比如人会因为分不清手和手机的界限而没办法把手机拿起来。因此纽伯格认为，在入迷的祈祷或冥想时，宗教信徒极端的专注能够导致他们右顶叶的关闭，当这一转变发生的时候，人们不再能将“自我”与“非我”区分开来，因而产生了强烈的合一感，这就是宗教“超自然体验”的奥秘。
类似的研究非常多，研究发现，在进行冥想、禅修、祷告等精神活动时，长期的修炼者大脑活动确实会产生一些“异变”，比如脑电波进入a波波幅，产生后叶催产素、内啡肽、多巴胺等与愉悦感有关的激素，额叶皮层活动减弱等等，不同的“异变”会导致不同的感受。这些研究都可以说明：
“超自然体验”其实只不过是由于特定的精神修炼活动，引发了人们一些脑结构暂时的改变，进而产生了奇妙感受。但这些感受并不代表他们真的“认识到了宇宙真谛”。
当然，你可以据此认为，这不正说明了朱院士所讲的佛学禅修是有价值的吗？
没错，佛学修炼确实有价值——但一点都不神秘，而且与我们理解和认识宇宙无关。
实际上，传统宗教的精神修炼方法是一种极为低效的修炼方式。在过去，如果你想像得到高僧那样依靠冥想进入“超级状态”，至少需要几十年的辛苦练习。我查阅资料时发现朱院士在2000年就开始修佛了，他公开宣传自己的理论差不多始于2014年，也就是说，朱院士应该是用了14年才有了“看到宇宙真谛”的感受。
现在的心理学研究不仅可以对宗教上的神秘现象进行解释，还可以为怎样抵达这些状态提供更简洁的指导，大部分的传统宗教对于如何通过冥想邂逅宇宙真谛有着冗长的秘诀，包含数百个要求，但其实这里头仅仅有一小部分是真正有用的，心理学研究可以把有用的程序提炼出来，让宗教冥思更加高效。
另外，如果利用神经反馈装置，修炼过程还能更加凝练。实际上，美国海豹突击队早就使用这一技术了，美国的海豹突击队有专门的“大脑健身房”，里头配备了EEG大脑监视器等设备，通过这些设备，海豹突击队员只要进行几个月的冥想练习就能达到宗教信徒数十年的练习成果。在执行任务时，海豹突击队员利用自己掌握的技术，可以迅速进入“超自然状态”，之后他们大脑的去甲肾上腺素和多巴胺会急速分泌，这两种化学物质会增强专注、肌肉反应时间以及合作默契程度，在这种情况下，特种部队队员能够非常高效、决断的完成任务。
另外，除了冥想训练，进入朱院士所谓的 “超自然体验”其实还有更简单的方法，那就是服用致幻剂。
在舒尔金的书中，他提到一种叫dmt的药物，服用这种药物后会产生智慧“顿悟”的感觉。在全世界所有重要的宗教中，几乎都有关于顿悟的传说，历史上很多宗教人士都宣称自己有过这种体验，这种现象也被叫做天启、神启或涅盘。在90年代时，新墨西哥大学的精神病专家斯特拉斯曼（Strassman）对dmt的神奇效果进行了检验，他的研究发现，超过50%的研究对象服用dmt之后，会有这样的描述：感觉瞬间被送到了遥远的星系、遇到很多无法形容的多维物体、窥视到宇宙终极真理、与神融为一体……等等。
这些描述与朱院士的描述多么一致！但是，这其实只是服用药物之后的幻觉，一个人通过几十年的宗教修炼也可以产生这种幻觉，但本质不变——没有真理，只是幻觉！
在这里我无意再列举更多的例证，我认为仅仅通过这几项研究就已经可以说明宗教修行带来的“超自然体验”到底是怎么回事。
我相信，朱院士他近十几年来可能确实通过自身修炼有所感触体察，而这种体验一定真的非常深刻，才会导致他有勇气抛出那样的言论。但实际上，这些感受其实是宗教修炼中非常正常的现象，对于朱院士这种善于思考、内心灵感充盈的人来说，他可能对这些感受有了过度解读。
朱院士以这些感受为依据，对生命科学、生理学、神经研究提出了很多观点，但实际上，朱院士并没有掌握很扎实的生理学基础知识。
例如，朱院士在作报告时曾说“人大脑每秒钟就会更新上万个细胞”，但实际上，人的大脑细胞与身体其他细胞不太一样，大脑内的细胞是不更新、不增殖的；再如，朱院士说“大量神经信息通过神经元之间的突触连接传递时，思维和意识也就产生了”，我不知道朱院士这句话的前半句到底是什么意思，但是可以确定的是，“意识”的产生和起源是脑科学研究最终极问题之一，如果这个问题可以解答，绝对是诺贝尔奖级别的成果，而这个问题目前还没有答案。
总之，朱院士在报告最开始时说“文化界、思想界的很多人都以为科学是万能的，以为只要科学不能理解的东西就是迷信、是伪科学。”而我想说，朱院士所描述自己修佛时产生的奇妙体验其实恰恰是现代科学可以解释的。