香山地区属于顺天府昌平州管辖，门头沟地区属于顺天府宛平县管辖。
昌平州为大明的京畿重镇，下辖怀柔、密云、顺义三县。
昌平州矿产资源丰富，拥有铁、铜、铅、锌、锡、钒、钛、锰、钼、金、银、黄铁矿、磷矿、石灰石、花岗石、大理石、汉白玉、白云石、石英石、石棉、硫黄、粘土等各种矿产。
宛平县相当于顺天府的政治经济中心，县衙设置在北京城内鼓楼附近。
卢沟桥东岸的宛平城建于崇祯10年，它的形制结构初建时与普通县城不同，城的内部无一般县城的大街、小巷、市场、钟鼓楼等设施。
全城只有东西两门，并都有瓮城及城楼，整个城墙比较厚实、坚固，主要是有利于屯兵防卫京师。建成时并不叫宛平，称拱极城，满清时期改名拱北城。
门头沟地区享有“活的地质教科书”之称，堪称“天然的地质博物馆”。
门头沟地区蕴藏着大量丰富的矿产资源，主要有煤、铁、铜、铝、锌、锡、金、银、石灰石、花岗石、大理石、汉白玉、白云石、石英石、硅石、耐水粘土、石棉、硫黄等。
其中煤炭储量最大，是中国五大无烟煤产地之一。称得上是“乌金遍地下、百宝满山川”。历史上，门头沟地区盛产的煤炭、石灰石等矿产，对北京城的发展起了极其重要的作用。
门头沟地区的铁矿石分布在清水河流域齐家庄、清水、青白口、下马岭、碣石、大村等地。有赤铁矿、磁铁矿、褐铁矿床，有的伴生铜、锌、铝等矿物。古代时就有小量开采。
要大力推动大明的科技、经济发展，昌平州和门头沟地区的矿产必须进行全面的开采利用，并源源不断的运输到香山书院，道路交通必须先行。
建筑研究部与地图勘测研究部以及各部门全面配合，在昌平州和门头沟地区勘探矿产，与当地村民和矿产拥有者签订开采收购协议，指导开采，提供开采设备，全面推动矿产开采水平。
香山书院工地在五万固定民工的辛苦劳作下，呈现出一片繁忙的景象，场平土石方工程、市政道路工程、香山农民新村还房工程一天一个样。
香山书院六条主干道道路按照碎石公路标准施工，碎石公路完工通行后，经过一段时间通行碾压和自然沉降，再陆续实施水泥路面硬化施工。
“王富贵。”香山书院开工没两天，朱由校叫来王富贵。
“草民在。”
“现在天气这么热，你们把工作时间调整一下，尽量夜间施工，中午和下午休息，防止工人们中暑。”朱由校吩咐道。
“草民代他们谢谢殿下的关心，只是有个特殊情况，无法全部执行。”王富贵犹豫道。
“什么情况？”
“这些人大部分都有雀蒙眼，晚上看不见。”
“什么？雀蒙眼？晚上看不见？你是说夜盲症吧？”朱由校询问道。
“夜盲症是啥？”王富贵有点懵。
“夜盲症俗称雀蒙眼，是在暗环境或夜晚视力很差，或完全看不见东西，该症状一般都是由于缺乏维生素A或营养不良导致的。”朱由校想了想解释道。
“预防夜盲症并不难，多吃一些含有维生素A的食品即可，比如鸡蛋、动物肝脏这些，只不过他们的家庭条件不允许，都是因为穷引起的。”
“啥A？”王富贵更懵。
“这样吧，我这里有个偏方可以治疗夜盲症，我写给你，你安排后勤部熬制后给这些人服用，试试看。”
“殿下，您真厉害，还会治病？”王富贵一脸谄媚。
“谷精草三钱、青葙子三钱，用水煎服，一日一剂，服用七天，用药期间忌辛辣食物。”朱由校懒得理他的马屁，边写边说道。
“草民代他们谢谢殿下，草民立马安排人落实。”王富贵接过偏方，虽然认不全上面的字，但还是像宝贝一样的仔细看了看。
“老王，你现在管理这么大一摊子，以后一定抽时间多读书多识字。”
“呵呵，谨遵殿下吩咐。”
“这个偏方如果有效果，就全面对外公开宣传，造福所有夜盲症患者。”
“好咧。”
治疗夜盲症的偏方效果非常好，患者服用七天后夜盲症全部消失，治疗夜盲症的偏方得以全面推广宣传。
夜盲症患者对朱由校感恩戴德，一传十十传百，朱由校无意中得到了一个神医的称号，居然有人慕名前来让朱由校看病，让朱由校一阵汗颜。
神医的名号让朱由校哭笑不得。
经历此事，面对密集的民工大军和大量无所事事的孩子，建立医疗、教育队伍，提供基本医疗保障、防止瘟疫发生、让孩子们早日上学势在必行。
崇祯年间，中国北方爆发了一场大规模的鼠疫，史称明末大鼠疫。
明代中期以后，中国进入了一个空前少雨的年代，出现全国性的大旱灾。万历46年，广东下起了大雪，中国大部分地区进入小冰河时期。从这时开始中国遭到了持续干旱和低温的侵袭。
万历、崇祯年间，旱灾变得越来越频繁，大旱之年的比率也在增加。到崇祯11年，漕河干涸。崇祯13年，黄河干涸，而长江和淮河竟然全部封冻。
崇祯6年明末大鼠疫首先在山西爆发。
崇祯10年至14年，华北地区连续4年大旱。
常年干旱食物减少，老鼠们身体虚弱，免疫力下降，大量的老鼠携带鼠疫菌。干旱缺水又导致鼠疫菌以更快的速度繁殖。旱灾肆虐，逃荒保命的不只是难民，老鼠也到处寻找食物。
崇祯14年夏天，中国内地突然出现大量的老鼠互相咬着对方的尾巴成群结队渡过江河险阻，进入安徽、河南、河北等省。
大量的老鼠进入人类的居住地，老鼠身上的跳蚤将鼠疫菌病毒传染给难民，饥荒中慌不择食的难民开始偷吃老鼠藏在洞里的食物，吃大量死在路边的老鼠，横扫全国的鼠疫开始酝酿。
难民的迁徙流动又将病毒传染到更大的地域。华北地区作为明末农民战争后期的主战场，天灾人祸并至，明末大鼠疫开始大爆发。
崇祯13年，大鼠疫传染至顺德府、河间府和大名府，死亡比率非常高。
崇祯14年，疫情进一步发展，大鼠疫传染至北京。
崇祯15年，天津开始爆发大鼠疫，早上染病晚上死亡，每日不下数百人。
崇祯16年，京畿地区疫情大爆发。北京死亡人数保守估计约40万，约占京城人口的30%。死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛。北京元气大伤。
到崇祯16年的冬季，大雪纷扬，北京的老鼠差不多死光了，人口也死的差不多了，人口密度大幅度下降，北京的鼠疫才逐步得到扭转。
大疫过后，京师三大营仅余5万多人。侥幸存活下来的士兵们“衣装狼狈，等于乞丐”。士兵们极其虚弱，鞭子抽打都无济于事。
京师三大营3万匹战马，仅有1千匹可以骑乘，彻底失去野战能力。加之军队腐败严重，军心本就涣散，经此大疫，更是溃不成军。
当李自成攻进北京时，北京成为一座“人鬼错杂，日暮人不敢行”的死城。经过了2天不算激烈的战斗，李自成大军就攻陷了这座阴气森森的“鬼城”。
43天后，女真联合吴三桂大败李自成。李自成失败的原因一直是个历史之谜。有的说他败于不得人心，有的说他败于骄傲自满，有的说他败于腐败，也有人指出，李自成的百万大军亡于鼠疫。