周朝瑞，字思永，号衡台，山东东昌府临清州人。明光宗嗣位，升吏科给事中，疏请收录先朝直臣。不久陈“慎初三要”，曰“信仁贤，广德泽，远邪佞”，请留上供金花银，以佐军兴。明熹宗立，迁礼科左给事中。左光斗等极论大学士沈纮勾结中官练兵，为肘腋之贼，得罪魏忠贤党，被忠贤心腹徐大化列入汪文言狱中，与杨涟等五人并逮下狱，坐妄议“移宫”及受熊廷弼贿，拷打备至，毙狱中。与同为阉党所害的杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、顾大章并称“东林六君子”。
明光宗即位，周朝瑞被提拔为吏科给事中，上疏请求收留录用前朝的忠臣。不久，陈述刚开始执政时应注意的三项要务，即：一、任用仁爱贤能的人；二、推广皇上的恩惠；三、远离邪恶、阿谀奉承的人。于是请求留下各地上供的金花银，用来帮助军队建设。其中有很多斥责宦官的话，宦官都憎恨他，因此刺激皇帝生气，贬低他的官级将他调往外地，这时他才做谏官四天。他尚未出京城，明熹宗即位，下诏恢复他的官职，上疏请求皇帝容纳直言进谏，又陈述考试选举的各种弊病。将要举行日讲，上书陈述君臣之间相互警戒，皇帝都高兴地接受了。贾继春请求安置李选侍，周朝瑞极力驳斥他，跟贾继春来回交锋三四次。
辽阳战事危急，周朝瑞请求在内阁大臣中推选二个通晓军事的人专门负责这事，而用职方郎一人专门管理机要事情，给事中二人专门负责来往的公文，皇帝同意了。雄县知县王纳谏被宦官诬告，假传圣旨降了官级，给事中毛士龙因此检举驳斥宦官，被府丞邵辅忠陷害，宫廷传旨将他除名，周朝瑞一并上疏一一讨论。
太阳上面覆盖了一个东西，忽然大风吹起狂沙，天空一片火红，都城的人惊吓得不知所措，有关部门不敢报告皇帝。周朝瑞请求皇帝修身自省，下诏给朝廷内外的臣属，不要互相斗争耽误国家大事，责问有关部门不上报的罪责，皇帝接受了。这时皇帝即位一年多了，还不曾亲自主持国家政权，国家大权落在别人手里，周朝瑞请求皇帝亲自处理国家事务。皇帝下旨，说政务交给内阁大臣，祖宗的旧制度不能搞乱了，然而这时国家政权根本不在内阁。
广宁失陷，下诏停止每天的学习讲读，周朝瑞等人上疏说：“这果真是皇帝的意思，辅臣应当据理力争。如果辅臣迎合宦官的意图，那么过失就大了。况且皇帝年轻，还没有自己的明确主张，全靠早晨讲解经史的机会，各臣能够一睹皇帝的龙颜，一起揭穿指鹿为马的奸计。如今上朝的机会已逐渐减少，倘若再取消讲解经史，深宫重重阻隔，无法会见，地方司马的报告不能传入，像吕大防一样被贬职而不被人知，国家大事将毁于一旦了。”正好礼部也有同样的说法，于是下令照常举行每天辅助皇帝讲解经史。
不久，同各给事御史惠世扬、左光斗等人极力追究大学士沈纮勾结中官操练部队，是窝藏在皇帝身边的内奸。沈纮上疏辩护，周朝瑞等人彻底揭发他贿赂勾结魏忠贤、卢受、客氏，而末尾又涉及他的私党邵辅忠、徐大化，语言过于激烈，剥夺了首先上疏的惠世扬的俸禄。徐大化曾受某个要人的指使，极力攻击熊廷弼，周朝瑞讨厌他。不久，王化贞丢弃广宁逃跑，徐大化又请求立即杀死熊廷弼，周朝瑞认为熊廷弼还有可用之才，请求让他防守山海关，带罪立功，先后上了四次疏，都被扣压没有实行。徐大化于是极力诽谤周朝瑞，周朝瑞被激怒了，也丑化诋毁徐大化，有关部门为他们双方排解。
周朝瑞刚被提拔为太仆少卿，而徐大化是魏忠贤的心腹，一定要杀死周朝瑞，将他的名字窜入汪文言案中，跟杨涟等五人一起逮捕，投进镇抚司的监狱，判处胡乱议论“移宫”的事情以及接受熊廷弼贿赂一万两，过了五天再审讯，严刑拷打，竟打死在狱中。