朱由检，字德约，明朝第十六位皇帝，明光宗朱常洛第五子，明熹宗朱由校异母弟，母为孝纯皇后刘氏，年号崇祯，通称“崇祯帝”。受封信王，熹宗无嗣而崩，朱由检奉遗诏继承皇位，改元崇祯。即位之初，就铲除了权宦魏忠贤及其党羽，勤于政事，厉行节俭，力图实现明王朝的“中兴”。任用袁崇焕对付割据辽东的后金政权，后金不但没有削弱，还攻入塞内，包围北京，虽然撤离，但此后五次入塞劫掠，并陆续攻克山海关外的大凌河、松山、锦州等明军据点。
明朝陕西和河南等地连年天灾，引发明末农民起义，明廷剿抚失宜，导致其中的李自成、张献忠两部坐大。朱由检频繁更换内阁辅臣，先后诛戮袁崇焕等18名封疆大吏，并起用洪承畴、杨嗣昌、卢象升、孙传庭等解决内忧外患，但终归失败。李自成兵临北京，朱由检自缢于煤山，清军入关后，为他上庙号怀宗，谥号钦天守道敏毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈端皇帝，葬于思陵。南明弘光政权上庙号思宗，谥号绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝，隆武政权改庙号为威宗。
朱由检，生于北京紫禁城慈庆宫，是当时的皇太子朱常洛的第五子，他的母亲淑女刘氏不受宠。朱由检五岁那年，刘氏在受到朱常洛的责骂后死去，朱由检便由李选侍抚养。不久，李选侍生下皇女，无暇抚养朱由检，朱由检便改由另一名李选侍抚养。
有个叫张差的人，手持木梃闯入朱常洛的居所慈庆宫，很快就被制服，是为“梃击案”。出身东林党的官员们认为这是郑贵妃在背后指使，张差在受到三法司审问时也供认是受郑贵妃的宦官庞保、刘成指使进宫。在群臣的一再施压下，多年深居宫中、不见群臣的明神宗朱翊钧，为了堵住东林党之口，亲自到慈宁宫祭拜孝定李太后，接着与朱常洛一起召见大臣，并将三名皇孙朱由校、朱由楫、朱由检，和一名皇孙女从左右阶下引到石级上来，令群臣熟视，以表明自己绝无易储之意。
在这次召见上，朱翊钧还将擅自出班发言“皇上极慈爱、太子极仁孝”的御史刘光复当众拿下，施以廷杖。随后，梃击案以处死张差、庞保、刘成三人告一段落，这次召见也是朱由检第一次公开亮相，据说他当了皇帝后召见群臣时，要求锦衣卫随时准备拿人就来源于这次童年经历。
朱由检的祖父朱翊钧、父亲朱常洛相继去世，兄长朱由校即位。朱由检作为朱由校唯一在世的弟弟，被册封为信王。但朱由检并未立即出阁，而是住在紫禁城慈庆宫后面的勖勤宫。少年时代的朱由检喜欢读书，而且不苟言笑，常常静心养神、正襟危坐，衣冠不整就不见内侍。有陪读的内侍不敢读出声，他就厉声呵斥道：“读书是好事，倒害羞；若唱曲儿，倒不害羞耶？”明代皇子出阁前没有专门的师傅，因此朱由检遇到不懂的字时，就自行查阅《洪武正韵》《海篇直音》及《韵小补》等书。他并非深居简出，时常微服私访北京市集，购买物品，体察民情，因此对物价一清二楚，即位后亦多次戳破采购宦官说高价钱的谎言。
朱由校下诏为信王挑选王妃，在北京动工兴建信王府，礼部奏报顺天府五城两县共有七十七名处女等待挑选。主持择妃的张皇后以大兴县民周奎之女“丰容端丽”而选其为信王妃，经钦天监选出吉日，朱由检搬移出宫，行冠礼，纳征发册，出府迎亲成婚。朱由校考虑在京城新修一座信王府，但内官监太监李永贞请求修理京城的惠王府，以备信王居住，可能是鉴于国库乏困，加上瑞王、惠王、桂王前往藩国的花费，朱由校批准其请，由于李永贞中饱私囊，信王府的建筑与器具都极为简陋。
在朱由检是信王的期间，明朝内外局势风云诡谲，朱由校的亲信宦官魏忠贤联合朝中齐、楚、浙等朋党击垮东林党，掌控朝政。外部面临后金崛起的威胁，虽然后金在宁远被袁崇焕阻挡西进步伐，但边防仍然吃紧。西南则爆发了奢安之乱，可谓四郊多垒。朱由检作为藩王，不能参与政事，但也不得不小心自保。
在魏忠贤的阻挠下，他与朱由校见面的机会极少，即使见了面也几乎说不上话，他还差点卷入魏忠贤的阴谋。据说当时魏忠贤曾派一名刺客暗杀张皇后，被朱由校发现后移送厂卫审办，主管东厂的魏忠贤打算利用这名刺客，来诬陷张皇后之父张国纪“谋立信王”，从而废皇后、兴大狱，但他的同党王体乾却认为朱由校对张皇后和朱由检感情很深，此举不会成功，因而魏忠贤杀了这名刺客以灭口，并未波及朱由检。
朱由检对宦官弄权的弊端都看在眼里，他读史读到十常侍、董卓、曹操等擅权时，都会“抚卷切齿”，他尤其痛恨魏忠贤专权，感慨“皇兄过忠厚，为（魏忠贤）所欺耳”。但是，他从不表露对魏忠贤的厌恶，魏忠贤见了他也面有惧色，并常派自己的党羽给朱由检送一些非时花果，朱由检表面上以厚赏回报，但不仅不喜欢这些花果，还趁机暗中记住了魏忠贤的党羽。
对于边境局势，他也多有关心，朱由校赐给他景王府所属的宝坻等县及塌河地租银六千三百两，他立即上疏，以“边境多虞，军需告匮”为由请求将这些地租银两还给国库，以补边防之需。朱由校被朱由检能为国分忧的至诚之心所感动，收回成命，以遂其愿。但随即将汝王、福王所留地租赐予朱由检，以便充作养赡之用，并展现他的“亲亲至意”，朱由检再次辞去。
朱由检出宫居住后，每年获得米三千石、钞一万贯，等待就藩之国，但缺等到了朱由校病入膏肓，没有留下任何子嗣。朱由校召皇五弟信王朱由检入宫，朱由校躺在病榻上，对朱由检说：“吾弟当为尧舜。”朱由检恐惧万分，说：“陛下为此言，臣应万死！”朱由校接着嘱托他善待张皇后与信用魏忠贤，朱由检更加恐惧，请求出宫，朱由校表示自己在召见朱由检以后“朕心甚悦，体觉稍安”。
朱由校驾崩于乾清宫，魏忠贤哭得眼睛都肿了，并与党羽商量对策。据说魏忠贤打算自立，被兵部尚书崔呈秀劝阻，另有人提议令宫妃假称怀有身孕，而将魏良卿之子领入宫中，接替皇位，由魏忠贤辅佐，就像“新莽之于孺子婴”那样。魏忠贤以为言之有理，便派人婉言暗示张皇后，被张皇后拒绝，魏忠贤得知张皇后的严正态度，也无可奈何，不再强迫她，只好派亲信宦官涂文辅、王朝辅接朱由检入宫。
由内阁起草遗诏，内称“皇五弟信王聪明夙着，仁孝性成，爰奉《祖训》兄终弟及之文，丕绍伦序，即皇帝位”。在张皇后的告诫下，朱由检自带麦饭入宫，不吃宫中食物，对宫中的一切保持高度警惕。到了夜晚，朱由检秉烛独坐，偶然看见一名小宦官持剑而过，立即叫到跟前，索要其剑，详加审视，许诺将给他赏赐，并将剑留在自己桌上。当听到宫中巡夜者击打木梆的声音，他起身前往慰劳，并回头问左右侍从如何赐酒食，侍从回答说由光禄寺负责，于是，朱由检下令旨让光禄寺准备酒食，赐给宫中值班巡夜之人，一时欢声如潮。
对于魏忠贤，朱由检也屡赐温词，曲加慰劳，以安其心。经过文武百官三次劝进，朱由检穿上衮冕，祭告天地，即皇帝位于皇极殿，改元崇祯，在登基大典时突发天雷之声。朱由检即位后，“总揽权纲，天下想望太平”，而他完成的第一件大事就是铲除魏忠贤及依附他的“阉党”集团。
朱由检即位之初，仍像朱由校那样对待魏忠贤及其党羽，该赏赐的照样赏赐，该封官的照样封官，魏忠贤反而感到不安，便对出身信王府宦官的司礼监秉笔太监徐应元毕恭毕敬，馈赠珍奇异宝，结为兄弟，并上书乞求辞去东厂提督之职，借以试探虚实。结果，朱由检不仅没有批准，而且还好言相劝，慰留一番，过了两天，朱由检准许魏忠贤的对食奉圣夫人客氏，出宫到私人宅第居住。魏忠贤上书乞请免去户部丧礼香蜡三万金，朱由检立即表示同意。
司礼监掌印太监王体乾请求辞职，朱由检不允。魏忠贤上书乞请停止为其建立生祠，朱由检批准以前生祠保留如故，不再新修，又夸魏忠贤“有功不居，更见劳谦之美”，又以“赞襄典礼”和东江战功为名给魏忠贤、王体乾等荫官。通过对魏忠贤、王体乾及其党羽的恩荫赏赐，在一定程度上打消了他们的疑虑，也麻痹了他们。
铲除魏忠贤的行动始于“阉党”内讧。“阉党”成员南京通政使杨所修参劾崔呈秀等，朱由检反而“责其轻诋”；另一“阉党”成员云南道御史杨维垣，两度参劾崔呈秀各种罪状，崔呈秀内心不安，请求回家守制，朱由检批准其请。崔呈秀倒台之后，魏忠贤成为下一个被弹劾的对象，陆澄源、钱元悫、钱嘉征等陆续弹劾弹劾魏忠贤罪状，尤以贡生钱嘉征言辞最激烈，列举了“并帝”“蔑后”“弄兵”“无二祖列宗”“克削藩封”“无圣”“滥爵”“掩边功”“朘民”“通同关节”十条“滔天之罪”。
魏忠贤得知此疏，在朱由检面前痛哭流涕，连呼冤枉，朱由检不为所动，命内侍当廷诵读钱嘉征奏疏，让魏忠贤亲耳聆听，魏忠贤“震恐丧魄”。之后，魏忠贤以身体不适为由，请求辞职，徐应元本起于信王府，与魏忠贤相互勾结，但见魏忠贤将要失势，也请求养病，朱由检顺势批准魏忠贤、徐应元回家养病。朱由检在一切准备妥当之后，正式下旨将魏忠贤之罪昭告于世，贬魏忠贤至凤阳祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。
魏忠贤出京时，带着大量随从，威风不减，朱由检以魏忠贤“将素畜亡命之徒，身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然”为由，下令将其逮捕至京。行至阜城的魏忠贤从“阉党”成员李朝钦那里提前得知这个旨意，两人痛饮一番后双双自缢，客氏被杖杀，崔呈秀亦自缢。其后，朱由检召回各地镇守太监，平反天启末年迫害东林党的冤狱，毁《三朝要典》，定“钦定逆案”，将魏忠贤等255人定为“逆党”，魏忠贤和客氏被凌迟戮尸，其党羽或处死，或削籍，或充军，从而实现了拨乱反正。时人评论此举“不动声色，潜移默夺，非天纵英武，何以有此”。
朱由检剪除魏忠贤后，兢兢业业，励精图治，力图挽回明朝的衰落，实现中兴之伟业。他训诫群臣，称在阉党垮台、“职掌还之各司”之后，群臣务必“致忠竭节”，洗刷积弊，以“为国节财，为民择吏”为要，同时“一切奏议有关国计者，遵我祖宗成法，不得妄议纷更”。他自己也以身作则，勤于政事，始终坚持经筵与日讲，不仅学习儒家经典，也作为听取讲官意见、与朝臣讨论时事的一个重要渠道，即使“边报纷纭”，经筵、日讲依然如故，甚至更加“精勤”。
朱由检每天“鸡鸣而起，夜分不寐”，宫中从无宴乐之事，他不仅坚持常朝，而且除了盛暑严寒之外，都会去文华殿召见重臣，讨论政事。从未懈怠于批阅奏章，往往“批阅至丙夜不休”，甚至还在半夜下达圣旨，不仅在明朝皇帝中以勤勉着称，甚至被臣下誉为“汉、唐以来良所稀见”。
在朝堂之内，崇祯初年的几位依附魏忠贤的阁臣黄立极、施凤来等相继被弹劾而去职，朱由检以“枚卜”（抽签）的方式挑选新阁臣。召集大臣和科道官到乾清宫，先拜天祈祷上苍保佑，再将推荐的阁臣姓名一一写出，装入金瓯之中．然后用筷子挟出。先挟出钱龙锡、李标、来宗道、杨景辰四人，群臣纷纷说时局艰难，请扩大阁臣数额，于是朱由检挟出周道登、刘鸿训二人。
此六人就一并被任命为礼部尚书兼东阁大学士，入阁参预机务，以李标为内阁首辅。因来宗道、杨景辰曾名列《三朝要典》副总裁，故在半年后毁《三朝要典》之际去职。刘鸿训因处置兵变令朱由检不满意而去职，老臣韩爌入为首辅。李标、钱龙锡等仍在内阁。韩爌、李标、钱龙锡均属“东林党”派系的人物，他们积极协助朱由检定“钦定逆案”，恢复天启朝被迫害的东林党人的名誉。因此他们主持的内阁号称“东林内阁”，从而形成了“东林大盛”的局面。
另一方面，朱由检亦留下礼部尚书温体仁、礼部右侍郎周延儒、吏部尚书王永光、兵部侍郎申用懋等非东林党的官员，以制衡东林党的势力，这四人被东林党称为“四凶”。
在朝堂之外，崇祯初年最大的难题是收复被后金占据的辽东。朱由检将这一重任交给了曾在天启末年相继取得宁远大捷和宁锦大捷的原任辽东巡抚袁崇焕。袁崇焕此前因私下议和与不救锦州而被弹劾，不得已辞职返乡，朱由检就起用袁崇焕为都察院左都御史、管兵部添设右侍郎事。以袁崇焕取代王之臣，任兵部尚书兼右副都御史、督师蓟、辽、登、莱、天津等处军务。
朱由检在平台，当着群臣的面召见袁崇焕，袁崇焕提出了“五年平辽”的目标，并请求朱由检授予他便宜行事之权，朱由检大喜过望，表示：“五年灭奴，便是方略。朕不吝封侯之赏，卿其努力以解天下倒悬之苦，卿子孙亦受其福。”钱龙锡等四名阁臣亦称赞袁崇焕是“奇男子”。随后，袁崇焕又请求吏部和兵部的用人、户部的转饷、工部的制造都要配合自己，也不可听信谗言，朱由检亦一一应允，指示各部尚书配合袁崇焕，允诺不听信任何谗言，又赐给袁崇焕尚方宝剑，随后袁崇焕前往关外前线。
袁崇焕到任后，整顿防务，委任祖大寿守锦州、何可纲守宁远、赵率教守山海关，对外联络明朝藩属哈剌慎朵颜三十六家，开市给赏，加以安抚。袁崇焕以先斩后奏的方式杀东江总兵毛文龙于双岛，接着上疏请罪。朱由检起初得知毛文龙被杀，感到十分震惊，转而觉得毛文龙已死，不能复生，而对袁崇焕的“五年平辽”仍抱希望，所以非但不加责备，反而“优旨褒答”。
后金大汗皇太极在西征蒙古途中决定掉头攻打明朝，兵分三路突破大安口等处长城关隘，山海关总兵赵率教战死于遵化，袁崇焕率关宁军从宁远回防蓟州镇，亦堵截失败，后金军兵临北京城下，是为“己巳之变”。袁崇焕率军救援北京，在广渠门外与后金军激战，迫使后金军退却。朱由检在平台召见袁崇焕、满桂、黑云龙等将领及兵部尚书申用懋等，袁崇焕穿着青衣玄帽入宫，强调形势严峻，朱由检“慰谕久之”，袁崇焕又请率兵入城，朱由检不许，赐给他貂裘和银盔甲后结束这次召见。
与此同时，温体仁已上密疏弹劾袁崇焕通敌，据说皇太极也使用了反间计，让被俘的明朝太监听到汉人将领鲍承先、高鸿中等谈论袁崇焕里通后金之事，然后放回北京。朱由检再次召见袁崇焕及满桂、祖大寿等时，就斥责袁崇焕：“尔擅杀大帅，以至今日。今又不能扞患御侮，则平日恢复之言何在？”命锦衣卫将他逮捕入狱。朱由检派孙承宗安抚东奔的关宁军，并以梁廷栋、满桂分别为文武经略，替代袁崇焕。朱由检命满桂出击永定门外的皇太极大军，反遭重创，满桂阵亡。
皇太极亦意识到拿不下北京，便在留下表达议和之意的书信后及时撤军，从董家口出塞。“己巳之变”是继“庚戌之变”后明朝京畿所受到的又一次重大威胁，朱由检追究有关官员的责任，兵部尚书王洽死于狱中，蓟辽总督刘策、山西巡抚耿如杞、总兵张士显等文武大员被杀。朱由检数落袁崇焕“托付不效、专恃欺隐”以及给哈剌慎卖粮从而间接支援后金、图谋议和、纵敌不战、遣散援兵等罪状，将他凌迟处死。袁崇焕获罪后，先前支持过他的钱龙锡、韩爌遭到史??、高捷等亲温体仁的言官弹劾，相继去职，李标、成基命虽继任首辅，亦不能久安于位，先后辞任。东林党的势力一落千丈，周延儒、温体仁入阁主政。
小冰河期进入比较严重的阶段，引发灾荒频繁、粮食歉收，西北和中原受灾尤甚，而田赋加派依然不减，造成社会矛盾的激化。遭受大旱的陕西澄城爆发王二起义，他们杀死知县、啸聚山林，拉开明末农民战争的序幕。陕西各地走投无路的农民与边镇逃兵、被裁撤的驿卒等合流，纷纷揭竿而起。这些起义者各自为战、流动性强，所以被统治阶级称为“流寇”。
朱由检任命杨鹤为陕西三边总督，接替已故的武之望，负责处理陕西民变，对于民变采取以抚为主、以剿为辅的方针，指出：“秦贼蔓延，虽因无岁，总由贪官债帅不恤军民，恣行剥削，以致转徙为盗。自今边方文武，俱宜遴才选补，不得听人规避，徒取备员。其官兵分合事宜，兵部密行督抚，相机剿灭。”杨鹤贯彻朱由检的这种方针，陆续招安了一批起义者，其中最大的成果是招安神一魁。
但由于根本的社会矛盾没有解决，所以许多起义者在接受招安后因得不到有效安置而重新起义，神一魁就不到一个月即“复叛”。朱由检闻讯震怒，下令逮捕杨鹤，将他遣戍袁州，代之以主剿的延绥巡抚洪承畴出任陕西三边总督，要求陕西督抚“鼓励道将，速图剿定”。在洪承畴等的大力镇压下，陕西的各路起义军转战山西，朱由检以曹文诏节制秦、晋诸将。
一年后，各路起义军又成功实现“渑池渡”，转进河南，攻城略地。朱由检任命延绥巡抚陈奇瑜为五省总督，全权负责镇压起义，又起用大名道卢象升为郧阳抚治，把守起义军最有可能进入的川、陕、豫、楚四省交界地带。在卢象升等的镇压下，高迎祥、李自成等部起义军退回陕西，被困于兴安南面的车厢峡，陷入绝境，然而陈奇瑜接受贿赂，主张招安，反而让起义军成功逃脱，朱由检转而命洪承畴兼任五省总督。
不久，明朝皇室发祥地凤阳被扫地王、太平王等部起义军攻陷，明朝祖陵被烧。朱由检闻讯后，暂停经筵，穿着素服到太庙祭告祖宗之灵，命百官修省，并处死凤阳巡抚杨一鹏。面对起义军日益壮大、流动作战的局面，朱由检设五省总理的差使，由已升任湖广巡抚的卢象升兼任，与五省总督洪承畴互相配合，洪承畴负责西北，卢象升负责东南，次年又起用孙传庭为陕西巡抚，在三人通力合作之下，明军擒获起义军中势力最强的闯王高迎祥，使“剿局”有所改观。
明朝与后金的战事也在持续，皇太极在“己巳之变”撤退时，曾占领关内的遵化、永平、迁安、滦州四城，此四城被督师孙承宗收复，是为“遵永大捷”。皇太极遂转换灭明方略，不再直接攻打北京，而是一面拔掉明军在辽西的据点，一面屡次派兵入塞掠夺。明军在辽西的最前沿——大凌河城陷落，孙承宗引咎去职。
更严重的事态是“吴桥兵变”，山东登、莱地区士兵孔有德、耿仲明等在支援大凌河城途中哗变，回到登州、莱州，挟持登莱巡抚孙元化抗拒朝廷。孔有德、耿仲明等成功突围，投奔皇太极，不仅引后金兵攻陷旅顺，更将红夷大炮的技术传到后金，后金由此开发出汉人炮兵与满蒙步骑兵协同作战的战术，使明军更加吃力，后金军在西征蒙古察哈尔部的过程中两次入塞掠夺，横行宣府、大同及山西腹地。
皇太极称帝，国号大清，年号崇德，正式建立了一个与明朝分庭抗礼的政权，随即他又派兵入塞大掠京畿，史称“丙子之变”。清军如入无人之境，在掠夺了十八万人畜后出塞，途中还留下“各官免送”的羞辱性木牌。兵部尚书张凤翼下狱后自杀，朱由检起用正在守制的杨鹤之子杨嗣昌为兵部尚书，拜为礼部尚书兼东阁大学士，仍管兵部事，将解决内忧外患、中兴大明王朝的希望寄托在他身上。
杨嗣昌提出的对付起义军的战略是“四正六隅十面网”，由五省总督和五省总理负责剿杀。五省总督仍然是洪承畴，而之前的五省总理卢象升，自“丙子之变”后就调任北方，接替他的王家祯是无能之辈，杨嗣昌推荐平息海盗有功的两广总督熊文灿，出任五省总理。这种战略收到一定成效，西北面的起义军在洪承畴和孙传庭的镇压下被消灭殆尽，李自成率18骑逃入商洛山中；东南面的起义军中势力最大的张献忠部接受熊文灿招安，仍据守谷城；另一支东南面的起义军罗汝才部也在均州投降，其他东南面的起义军或降或逃，农民战争陷入低谷。
杨嗣昌所提出的对清方针则是议和优先，以便腾出手来解决农民起义，此事由辽东巡抚方一藻和监军太监高起潜秘密进行，但因事机泄露，引发群臣反对，议和之事便被拖延，皇太极亦第五次发兵入塞，京畿告急，是为“戊寅之变”。朱由检急调洪承畴、孙传庭入援，然而依然拿清军无可奈何，清军长驱直入山东腹地，攻陷58座城池、俘虏四十六万人畜，从容出塞。
清军此次入塞对明朝的战略格局有重大影响，卢象升战死、孙传庭下狱，洪承畴调任蓟辽总督，率领陕西精锐之师在松山、锦州一线防范清军，这给濒临绝境的李自成以喘息的可乘之机。张献忠也利用熊文灿的昏庸，再举反旗。朱由检派杨嗣昌督师围剿张献忠，起初指挥左良玉在川东玛瑙山打了胜仗，但其后连战连败。李自成听说张献忠起兵谷城后，赶往会合，不久分手，从湖广转进四川，再由四川转进河南，攻陷洛阳，杀死皇叔福王朱常洵；张献忠破襄阳，杀襄王朱翊铭，杨嗣昌听说洛阳、襄阳陷落、二王被杀的消息，忧惧而死。朱由检对杨嗣昌之死感到惋惜，并未追究其责任，反而杀了被认为配合杨嗣昌不力的原任陕西三边总督郑崇俭。接着，朱由检以陕西三边总督丁启睿为督师，继续围剿李自成、张献忠。
内外局势虽然对明朝愈发不利，但尚未失控，内外局势急转直下，明朝加速滑向崩溃的边缘。河南地区自崇祯以来“竟无乐岁，旱蝗相继，灾异频仍”趋向严重，在这种情况下，大量饥民加入李自成的队伍，使其不断壮大，开始被称为“闯王”，牛金星、宋献策等知识分子也投奔李自成。
李自成攻打河南省城开封，丁启睿借口在打张献忠而不救开封，朱由检便起用平定奢安之乱有功的傅宗龙为陕西三边总督，率川陕兵两万驰援开封，李自成放弃攻打开封，转而袭击傅宗龙，擒杀傅宗龙于项城。李自成与罗汝才再攻开封，朱由检提拔陕西巡抚汪乔年为陕西三边总督，驰援开封，李自成又擒杀汪乔年于襄城，朱由检被迫放出关在狱中的孙传庭，拜为陕西三边总督。
李自成第三次围攻开封，并在朱仙镇之战中歼灭督师丁启睿、保定总督杨文岳等所率援军，朱由检催孙传庭出师救援。黄河堤溃，开封城毁，李自成不再进攻开封。孙传庭出潼关，兵败郏县，退回关内，李自成攻陷汝宁，杀杨文岳，控制河南大部，继而转战湖广。一度被丁启睿等压制的张献忠，也再次活跃于南直隶，攻陷庐州，破黄得功、刘良佐部于六安，转进湖广。
对清的战局也在恶化，皇太极为了入关，连年侵扰松山、锦州等辽西堡垒。洪承畴率五万人从宁远驰援祖大寿驻守的锦州，与清军激战后败退，洪承畴又屡次出关救援，打退了清军的进攻，但锦州仍然在清军的包围之中。兵部尚书陈新甲建议洪承畴率大军前往松山、锦州一带决战，歼灭包围锦州的清军，但洪承畴主张持重，反对急速进兵。
朱由检本来倾向洪承畴的建议，但陈新甲坚持己见，再加上从宁远回来的兵部职方司郎中张若麒也报告清军粮饷不继，每天骑兵只吃两餐，步兵只吃一餐，陈新甲便加紧怂恿朱由检催促洪承畴出兵，朱由检同意。洪承畴在宁远誓师，接着率六万大军进驻松山，加上后续赶来的明军，共计八总兵、十三万兵力。皇太极亲率三千精骑赶到松山，并派兵在松山至杏山之间列营，截断明军的联系。洪承畴派王朴、吴三桂、李辅明等六名总兵率军突围，被清军歼灭大半，于是洪承畴与总兵曹变蛟、王廷臣和辽东巡抚丘民仰被围困在松山城中。
在松山副将夏成德的内应下，清军攻陷松山，丘民仰、曹变蛟、王廷臣殉节，洪承畴被俘，坚守锦州的祖大寿降清，此外杏山、塔山二城亦被清军攻陷。战后，朱由检授意陈新甲与清朝议和，不料和议泄露，再次引发群臣反对，陈新甲不但不认错，还自认为有功，朱由检将陈新甲下狱杀了他。皇太极见和议破裂，第六次发兵入塞，是为“壬午之变”。此次入塞的经过与之前几次如出一辙，清军在饱掠数月、攻陷八十八城之后，带着三十六万九千名俘虏和三十二万余头牲畜等战利品扬长而去，事后朱由检又杀了两位蓟辽总督范志完、赵光拚来顶罪。
随着内外两线战事的大溃败，明朝覆亡之象显现，朝野人心亦日渐离散。朱由检照例到皇极殿接受朝贺，而文班只有内阁首辅周延儒一人，武班只有一名勋臣。朱由检命开门，进来的朝臣太少，过了许久才陆续有朝臣匆匆赶来，凑够了百官中一半多一点的人数，这才勉强举行朝贺礼。
当时，北京城已经流传“鞑子、流贼到门，我即开城请进”之语，清军第六次入塞期间，朱由检取出内帑数万，发给守城将士，每人只领二十钱，守城士兵们弹着钱说：“皇帝要性命，令我辈守城，此钱止可买五六烧饼而已！”在这种情况下，朱由检迫切渴望尽快扭转局势，下令以一万两黄金以及侯爵来悬赏李自成的首级，以五千两黄金、一品大员的官位和锦衣卫指挥使的世职，来悬赏张献忠的首级。
当时，明朝可倚仗的兵力只有陕西孙传庭和湖广左良玉麾下的兵力，左良玉虽拥兵二十万，但不仅不能剿灭张献忠，还四处劫掠，并威胁南京，索要军饷，朱由检只能加以安抚，却对他无可奈何。张献忠趁机攻陷武昌，沉楚王朱华奎于长江，建立大西政权。李自成也在襄阳自称新顺王，初步建立政权，并且提出“三年免征、一人不杀”的口号，出现了“闯王来时不纳粮”的民谣。
朱由检便将力挽狂澜的希望寄托在明朝最后的劲旅——孙传庭统率的秦兵，任命他为督师，出潼关消灭李自成。孙传庭进军河南，起初连传捷报，而皇太极的死讯也在此时传入北京，明廷洋溢着国势转危为安、中兴指日可待的幻觉。然而孙传庭先是兵败于汝州，接着战死于潼关，李自成长驱入关占领西安，进而迅速控制了陕西全境。朱由检先后派余应桂、李化熙代替孙传庭，但都无兵无饷、一筹莫展，尽管如此，内阁首辅陈演、吏部尚书李遇知等仍安慰朱由检说“贼入关中，必恋子女玉帛，犹虎入陷阱”“欲据此为家”，完全误判了形势。
朱由检到皇极殿接受朝贺之际，发现只有锦衣卫指挥使骆养性在场，朱由检便下令鸣钟开门，很久都没人来，朱由检准备先祭拜太庙再接受朝贺，又发现马匹没准备好，便依然等着受朝贺，随后文武百官陆续赶来，站朝班时互相乱入，十分狼狈。
雄踞西安的李自成也在这一天建国号大顺，年号永昌，随后挥师东征山西，直捣北京。在岌岌可危的局面下，迁都南京之议浮上水面。据说在清军第六次入塞时，朱由检就与周延儒商量过南迁，但被皇嫂懿安太后（张皇后）阻止。左中允李明睿在德政殿接受朱由检召见时，力劝南迁，朱由检亦表赞成，他希望由重臣来牵头，不过阁臣中无一提议，兵部收到李自成下的战书，约定决战于北京城下。
朱由检召见阁臣，流泪说道：“朕非亡国之君，事事乃亡国之象。祖宗栉风沐雨之天下，一朝失之，何面目见于地下？朕愿督师，以决一战，即身死沙场，亦所不顾，但死不瞑目。”内阁首辅陈演、次辅魏藻德等纷纷请求代帝出征，朱由检都不同意，最后同意由山西籍的阁臣李建泰督师。朱由检行告庙礼，在正阳门举行隆重的推毂仪式，亲自为李建泰饯行。
李建泰未至山西，山西省城太原陷落，李自成颁布讨明檄文，内称“君非甚暗，孤立而炀蔽恒多；臣尽行私，比党而公忠绝少”，要求朱由检君臣马上投降，可保荣华富贵。李自成在宁武遭遇周遇吉的顽强抵抗，最终还是将其击败，从此入京之路畅通无阻。在此期间，朱由检想调辽东总兵吴三桂率关宁劲旅来京勤王，但因不愿放弃宁远以及饷银不足等问题而作罢。
明廷内部围绕南迁的争议也公开化，李明睿上疏疾呼南迁，遭到兵科给事中光时亨的强烈反对，斥为“邪说”，内阁首辅陈演亦不赞成，左都御史李邦华则提议太子和诸王先南迁。朱由检见南迁争议很大，便表态拒绝南迁，声明：“国君死社稷，义之正也。朕志决矣！”出征在外的李建泰也上疏请求南迁，并愿奉太子先行，朱由检召见群臣议论，依然分歧很大，光时亨甚至说太子先行是模仿唐肃宗即位灵武的故事，但在谈到战守之策时，诸臣集体沉默。朱由检先是重申“国君死社稷”，再看到诸臣集体沉默后，拂袖而起，斥责：“朕非亡国之君，诸臣尽为亡国之臣！”
朱由检封辽东总兵吴三桂为平西伯、平贼将军左良玉为宁南伯、蓟镇总兵唐通为定西伯、凤庐总兵黄得功为靖南伯，其余总兵也都有升迁。与此同时，朱由检决定放弃宁远，征辽东总兵吴三桂、蓟辽总督王永吉率兵入卫，又征调唐通、刘泽清率兵入卫，结果刘泽清不奉诏，在劫掠临清后南奔；吴三桂手下虽有五千精兵，但因为要内徙关外军民，拖慢了速度，只有唐通的两千勤王军及时赶到，被派去守居庸关。
居庸关破，唐通投降，李自成的先锋抵达京郊，陷昌平，焚皇陵。这一天，朱由检一边从容喝茶，一边在中左门以“安人心、剿寇、生财足用”为题考选滋阳知县黄国琦等33名地方官。接到这个消息，脸色骤变，起身入宫，朱由检上朝询问守城之策，君臣对泣，束手无策，甚至有人提出起用“逆案”中人，朱由检挥泪用手指在桌案上写下一行字（“文武官个个可杀，百姓不可杀”，一说“文臣个个可杀”），让东厂太监王之心看过后就抹去。
当天，李自成的军队开始攻城，守城的三大营多为老弱病残，毫无战斗力，一触即溃。朱由检情绪失控，他“仰天长号，绕殿环走，拊胸顿足，叹息通宵”，大呼：“内外文武诸臣误我！误我！”最后一次召见阁臣，说：“不如大家在奉先殿完事（自杀）”。李自成派已经投降的太监杜勋、申芝秀到北京城内，与朱由检交涉，开出的条件一说是“割地讲和”，让李自成在西北割据称王，犒饷银百万两，可协助平定其他起义军及辽东清军，但不朝觐；另一说是要朱由检“逊位”。总之，朱由检没有答应。
当天上午风雨交加，午时雨停，李自成下令继续攻城，一群回回人打开了广宁门，外城陷落。朱由检得知外城陷落的消息后，欲召总督京营的襄城伯李国祯率三大营护驾，太监报告这些兵已经溃散，劝他快逃。朱由检带着太监登上紫禁城后的煤山眺望，发现北京城已经被重重围困，难以脱身，便下山回到乾清宫。朱由检召妹夫巩永固、刘文炳带家丁护驾，两人回复按祖制不得拥有家丁。
随后，朱由检安排太监王之心、栗宗周、王之俊带着三名皇子（太子、定王、永王）出宫，送到成国公朱纯臣等人那里，接着与周皇后等嫔妃举行最后的酒宴，要求她们自尽。周皇后回到坤宁宫就自缢了，袁贵妃被朱由检砍伤。随后，朱由检怒吼着“为什么要生在我家”，先后挥剑砍向长平公主和昭仁公主，前者被砍断手臂而昏厥，后者当场死亡，又派人到各宫催促懿安太后及西李自尽。
朱由检召见提督京城内外太监王承恩议事，并与他饮酒。朱由检到王承恩住处，换上大帽及宦官的衣服，手持三眼铳，带着数百名太监先后到朝阳门、崇文门、正阳门突围，均告失败，朱由检被迫与王承恩回宫，换了衣服。朱由检亲自撞钟召集文武百官，但无一人入朝，他与王承恩登上煤山，在一棵树上自缢，王承恩也相对自缢。据说朱由检临终前徘徊许久，感慨群臣中没人陪他，又自我安慰说群臣不知道自己行踪，然后才自缢。
朱由检自缢当天上午，北京全城投降，李自成进入皇城，发现周皇后等女眷的遗体，三名皇子也被太监栗宗周、王之俊出卖而成了俘虏，但未发现朱由检的去向。于是，李自成悬赏黄金万两搜寻朱由检，直到发现朱由检的遗体。他身穿蓝色道袍，披头散发，遮住了脸，右脚穿着袜子和红方舄，左脚赤脚，胸中背心有带血遗诏，所传版本各有不同，共同点是表达对十七年来一事无成的自责，强调“诸臣误朕”，最后说“任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人”。
遗诏上还有一行墨书写着“百官俱赴东宫行在”，据说朱由检曾下朱谕于内阁，要求成国公朱纯臣辅佐太子，当宦官将朱谕送入内阁时，阁臣们早已作鸟兽散，宦官复命时也找不到朱由检所在，而朱由检以为阁臣已看到朱谕，所以在遗诏上留下了这行话。朱由检的遗体被运至东华门外，与周皇后的遗体放在一起，“诸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，余皆睥睨过之”。
李自成在明朝太监王德化等的请求下，用较好的棺材重新收殓朱由检夫妇的遗体，埋在田贵妃墓中，只有太监和百姓为朱由检送葬。在这期间，自杀殉国的明朝臣子有新乐侯刘文炳，其弟都督刘文耀、彰武侯杨崇善、惠安侯张庆臻、东宫侍卫周镜、驸马都尉巩永固、宣城伯卫时春七名勋戚以及范景文、倪元璐、李邦华等二十余名文臣。其他勋戚及文武官员基本上都向李自成投降，陈演、朱纯臣还带头劝进于李自成，不过他们随即受到李自成的追赃拷掠，许多人在这过程中死去。
清军入关，占据北京。清摄政王多尔衮宣布为朱由检发丧三天，为此需要拟定庙号和谥号。这项任务被交给李明睿，李明睿拟庙号为“怀宗”，谥号“钦天守道敏毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈端皇帝”，陵号“思陵”。南明弘光政权也给朱由检上了“思宗”的庙号及“绍天绎道刚明恪恭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝”的谥号，改庙号为“毅宗”。隆武政权改庙号为“威宗”。
第一部三国明完结