义存，俗姓曾，福建泉州南安涧埕村人，世代信奉佛教的家庭。自幼养成对佛教崇敬而亲切的感情，9岁时就要求出家，父母不允，12岁随父游莆田玉涧寺，遂留寺不回，礼寺僧庆玄和尚为师，随侍五年，17岁落发为僧，改名义存。
武宗降旨“毁佛教，复僧尼为民。”，义存被迫还俗，但他奉佛的信仰毫不动摇。不久，他来到今福州北峰芙蓉山晋见弘照法师，被收留为弟子。禁令废除，恢复佛教活动。义存北游吴、楚、梁、宋、燕、秦等地，28岁的义存在幽州受具足戒，再次出游江南各地名山大刹，受法于湖南武陵德山寺清鉴禅师。
义存回闽，居于今福州郊区芙蓉山石室，门友行实和尚促其出山，同到象骨峰结庵建院，先创庵于柽洋映凉台之北。在里人及官府资助下，建成当时闽中规模最大的寺院，时遇应天节，唐僖宗赐额“应天雪峰禅院”，赐号“真觉大师”，御赐紫袈裟。
义存在雪峰，一面筹资建寺，一面弘宗演教，“四方衲子云集，至无容所，僧众盛时多达1500余人。门下高僧辈出，分为54支，其中云门宗创始人文偃是义存的嫡传弟子；法眼宗的创始人文益是他的三传弟子，这两宗的佛教徒都尊雪峰为“祖庭”，他们分别成为晚唐五代禅宗中的五宗之一。
此外，福州玄沙院的开山祖师备、福州怡山长庆寺的中兴祖师慧棱、福州鼓山涌泉寺开山祖神晏、越州洞岩寺的可休，信州鹅湖的智孚等皆出于义存门下，后来他们各自拥徒说法，成为一方开山之祖。
境内兵连祸结，战云密布，山居不可宁处，义存再游吴越，转至浙江四明山避乱，并在浙江四明山脉结庐为庵广传佛法，普渡众生。王审知入闽后，安定社会秩序，建立地方政权，奉行崇佛政策，迎回义存，大加礼遇，还时常迎请义存住进节度使府，为僚属官将谈经说法。王氏政权资助义存将寺迁至陈洋，经过义存多年努力，境内佛教大行。
义存示寂，世寿87岁，僧腊59年，闽王遣子王延禀主祭，埋骨难提塔，着有《雪峰清规》、《雪峰语录》等传世。