在路卡利欧的带领下，小智一行人成功进入了世界初始之树。
就在小智和路卡利欧向上前进寻找皮卡丘时，代文琪朵，这个“冒险家”终于化身作死小能手，开始了她的探秘。
“免疫机制？什么意思，我听不懂！”琪朵脸色僵硬的看着真嗣。
“你问问你的管家，到底发生了什么！”真嗣没好气的呵斥。
紧赶慢赶的还是没赶上这女人作死的速度。
正在不断向上奔跑的小智，还没见到皮卡丘的身影，便因为免疫机制的触发，遭遇了冰神柱，雷吉艾斯。
现在对于这三个保安柱子来说，一切外来生命都是不明因素，必须予以排除！
因此，哪怕小智苦口婆心的解释自己没有敌意，还是被雷吉艾斯追着打。
跟在小智身后的路卡利欧虽然有一战之力，不过考虑到这是世界之树的守卫，也不好下死手，只能不断的搓丸子，边打边退～
“看样子，没有办法说服他们，回去吧，再找另一条路！”在路卡利欧的断后之下，小智再度逃了回来。
另外这边，真嗣与小刚一行人也刚刚走出洞穴。
“大家快走，我来找另一条路！”路卡利欧带着众人撤入另一条山洞小路。
没想到，后有雷吉艾斯，刚进山洞又遇上了雷吉洛克和雷吉斯奇鲁…
“琪朵，你看看你造了什么孽啊。”小次郎人都麻了，：“我为什么一定要被三个神柱追的像条狗一样啊……！！”
“快点跑，少bb。”真嗣头疼的留在最后断后。
“利欧路，帝王拿波，你们也一起帮忙！”扔出宝贝球，真嗣紧守队伍末端。
“真嗣，你要快点追上来啊！”小智边走边喊。
“放心，先去找皮卡丘。”真嗣摆摆手让小智不用担心。
而已经发现小智被攻击的皮卡丘，还有这两天一直在当保姆陪皮卡丘玩的喵喵，同样也看到了小次郎。
两个小家伙也开始努力和众人汇合。
直到现在，梦幻还乐呵呵的看戏呢，那真是事不关己高高挂起……
众人通过一座陡峭的石桥，真嗣当机立断，：“利欧路，用波导弹，帝王拿波，用电炮光泽，路卡利欧你也帮忙一起，把桥炸了！”
利欧路凝神静气，高浓度的波导能量被它压缩成能量球，随后猛然双手推出，深蓝色的波导弹激射而出。
路卡利欧同样搓出一颗浅蓝色的丸子扔了出去。
帝王拿波：(￣w￣;)电炮光泽……咋用的来着……不管了！
只见这货运足全身的钢系能量，猛然从右手抽出一柄钢系能量刀，随后一发巨大的半月形金属斩波便飞了出去，直接光滑的将石桥一刀两断。
路卡利欧：……好强的威力～
真嗣：(o?o)，你他么这是电炮光泽么？
帝王拿波淡定的纳刀，反正效果好就行了呗。
“小次郎！！”前面的队伍突然传来惊呼！原来是世界之树无处不在的蓝色水晶，已经生物化了，这种东西神奇宝贝技能难伤分毫，专门吞噬世界之树的异物。
“到底是怎么回事？”小遥整个人都吓懵了！
“这你们就要多感谢琪朵小姐了，她彻底激活了世界之树的免疫机制。”真嗣吐槽了一句。
轰隆～众人还没说完，背后又传来了响亮的爆炸声。
“切，真是阴魂不散。”真嗣头疼的转头看向众人：“还看我干啥？跑啊！”
路卡利欧和利欧路拦在最后用波导弹拖延敌人的脚步，众人继续往前狂奔。
没想到前方又出现了红色的免疫吞噬体，好在路卡利欧的波导弹是直接针对波导的攻击，可以震碎红色吞噬体。
就这样，路卡利欧在前，利欧路在后。众人继续前进。
“班克斯，帮我们找一条出去的路。”一边夺路狂奔，琪朵一边命令他的管家用卫星定位帮大家找一条可以逃出这里的路。
一个不注意红色的吞噬体陡然包围了启动。路卡利欧眼疾手快，一把将琪朵拽了出来。
随后路卡利欧整个被吞噬体吞了进去。
让人啧啧称奇的是，吞噬体似乎能够识别神奇宝贝，仅仅是包裹住路卡利欧。便缓缓松开。
似乎对世界初始之树来说，神奇宝贝并不算体内的异物或者细菌。
终于，众人跑出了山洞，只不过依然有吞噬体跟在众人身后紧追不舍。不光如此，三神柱也跟了上来。
“这样不行，大家分开跑吧，我去引开那些东西。”关键时刻，方显男儿本色。小智坚定的向众人提议道，由自己去引开那些怪物。
“在你找到皮卡丘以前，我会护你周全。”路卡利欧丝毫不惧的站在小智身边。
“不要看我，我肯定是走危险的那条路，你什么时候见我先跑过？”真嗣笑着回应小智。
“谢谢你们。”小智笑着点头，随后扔出铁螯龙虾与蜥蜴王。“铁螯龙虾，蜥蜴王，去对付雷吉洛克”
“电击魔兽，帝王拿波，把雷吉斯奇鲁和雷吉艾斯拦住！”真嗣也毫不犹豫，派出自己的两员大将。
“电击魔兽用打雷，帝王拿波高压水炮！”远程技能压制一波，真嗣带着小智和路卡利欧快速撤退。
在这期间，红色的吞噬体还在不断搜索众人。
离开了真嗣两人，小刚三人也被红色吞噬体抓住机会吞了进去。
在被吞噬之前，众人纷纷选择放出神奇宝贝，让他们自己逃生。
边打边退的真嗣三人也是终于在山间的水晶通道遇到了皮卡丘。
小智不等真嗣放出比雕，直接冲了上去，在山间飓风的吹拂下和皮卡丘成功汇合了。
“真是冒失！”真嗣无奈的摇摇头，：“比雕，我们去救他。”
坐上比雕，真嗣顶着强风俯冲而下，将小智和皮卡丘成功接住，最后安全降落在地面。
“真嗣～谢啦。”落地的小智开心的说道：“我终于找到皮卡丘了！”
路卡利欧还有幸存的琪朵，众人都向着小智这边聚拢过来。
“皮卡丘，这是路卡利欧，还有琪朵小姐，大家都是来救你的哦。”小智热情的给皮卡丘介绍了一番。
“皮卡丘…～”皮卡丘举起小手手，跟众人挥手。
“缪～”正在这时，梦幻和喵喵也跑了过来。
“梦幻？”众人惊叹一声。
“哎呦～还有我啊喵～梦幻只是想跟皮卡丘玩而已喵～”喵喵给众人解释。
“缪～缪缪～”看到这么多人，梦幻开心坏了不停的在大家身边飞舞。
“雷吉……”就在大家松了一口气的同时，雷吉艾斯也从山洞里钻了出来，找到了众人。
“我想我们还是先撤为妙。”琪朵有些害怕的建议道。
众人闻言，再度朝着一个山洞里扎了进去。
没想到，一进山洞，数量庞大的红色吞噬体便涌了出来。
“大家……都已经被那个吞进去了。”琪朵恐惧道。
“什么？！连小次郎也～”喵喵惊讶的问道。
“往这边走！”路卡利欧辨认了一下方向，带着众人继续奔跑起来。
另一边班克斯也提醒道：“大小姐，可以出去的地方，就在更上面一点！”
“知道了！”琪朵点点头，众人朝着可以看见太阳光的地方卖力的跑去。
没想到，众人刚走进看似有太阳光的洞穴，就看到了一束巨大的蓝色水晶花，而阳光正是从花心照射进来的。
红色的吞噬体再次袭来，真嗣直接急用比雕飞到了半空。
“大家！”路卡利欧一惊，却被雷吉斯奇鲁抓住机会一把捏在了手里。
情况危急！！
小智同样被吞噬体拖进了包围圈，最终消失在皮卡丘眼前。
“可恶～！这棵树也太难缠了吧。”真嗣落地。
看见自己的朋友皮卡丘痛哭流涕，梦幻非常难受，直接抓住一旁的水晶，沟通了整颗世界树。
在梦幻意志的干预下，整颗世界初始之树爆发出无尽的绿光，吞噬体将小智几人重新吐了出来。
而雷吉三柱子，似乎也得到了世界树的命令，纷纷转身，离开了真嗣一行人。
劫后余生，被世界树重新释放的小智一行人，纷纷跟自己的神奇宝贝热情相拥。
“真嗣，这到底怎么回事？”小智好奇的问，毕竟真嗣大爷是留到最后的男人。
“梦幻啊，把你们不是细菌这件事跟这棵树讲了喵～”喵喵作为神奇宝贝界同声传译第一人，嘚瑟的跟众人解释道。
“嗯，就是这样，梦幻的意志就是世界树的主体，所以被梦幻认可得人，就不算是世界树内的异常生命体了。”真嗣也点头认同。
“梦幻谢谢你。”就在小智想要好好跟梦幻道谢之际，悬挂在山洞顶部蓝色的水晶之花突然闪过一抹妖异的红色。
而梦幻也整个身体发烫，双颊发红的摔倒在地，看上去虚弱无比。
“糟糕了，事情大条了。”真嗣头疼的看着虚弱的梦幻。
伴随着梦幻的异常，整个世界初始之树遍布的蓝色水晶，开始通通的变红，发热，最后燃烧成一团灰烬。
“这种情况，好不容易得救了，不会又让我喊以前的台词吧……”小次郎搂着喵喵小心翼翼的说道。
“以前的台词，哪一句啊喵？”喵喵还有心情关心这个。
“就是，好讨厌的感觉嘛……”小次郎欲哭无泪，我堂堂新生火箭队关东分部长，要是脱口而出以前的经典台词，我不要面子的嘛……
“梦幻和世界初始之树，应该是存在着某种共同分享力量，生命共存的关系。一荣俱荣，一损俱损～现在梦幻的虚弱导致整个世界初始之树开始崩溃了！”真嗣沉声说道。
“班克斯，可以调查出，世界初始之树到底发生了什么吗？”琪朵着急的问。
“大小姐，世界初始之树的生命反应出现了异常，可以看得出能源的流动很乱。也许是由于突然激烈的进行免疫活动，好像因为这样不知道造成了什么损坏。这样下去要是能源的流动停止了，初始之树就会崩毁了！”班克斯语气凝重的汇报。
“说到底，还是我们的错，是我们把这棵树的应激反应激活了，现在，我们也有责任，拯救他们，世界初始之树，还有梦幻！”真嗣斩钉截铁的说道。
世界初始之树已经逐渐开始崩溃，所有的波导水晶，纷纷焚毁殆尽。看得真嗣直肉疼。
“缪…”就在这时，梦幻苏醒了过来，虚弱的给众人指了一条路。
“是让我们跟去嘛？”小智疑惑的看向真嗣。
“跟上去看看。”真嗣点头，众人跟着梦幻一同来到一个宛如蜂巢一样的山洞。
刚进山洞，路卡利欧便察觉到了什么，一旁的水晶里居然有个人，而水晶的外面还挂着一副熟悉的手套。
“那个难道是？！”路卡利欧不可置信的问道。
“没错，那是亚朗。”真嗣肯定的点点头，
路卡利欧走上前，将波导输送进水晶。众人果然看清了里面的人，就是勇者亚朗。
“原来如此，亚朗把路卡利欧封印起来之后，一个人来到了这里。所以这里肯定是初始之树的心脏地带。”琪朵很快就反应了过来。
“她说的没错。”真嗣点点头，走向包裹着亚朗的水晶。
就在水晶的旁边，一朵时间之花，安静的待在那里。
“波导～与我同在～”轻轻输入波导之力，时间之花绽放了，保存了数百年的时间留影再度重现在众人眼前。
亚朗牺牲了自己宝贵的生命，将自己所有的波导之力灌注给了梦幻，换取世界之树发动一次神威，阻止了战争。
“这就是，历史的真相吗？”琪朵和小智深受震撼。
“亚朗大人！”路卡利欧跪倒在水晶前，沉痛哀悼。
“缪～”这个时候，梦幻找到了路卡利欧。
“你是说，希望我为了这棵树，贡献出我的力量吗？”路卡利欧听完梦幻的话，毫不犹豫点头：“我愿意！”
“等一下！”琪朵着急的喊道：“如果在这里使用波导的力量的话，你就会跟亚朗，走上一样的命运！”
“我知道。”路卡利欧平静的点头，像一个骑士无畏牺牲，路卡利欧同样无悔生命的奉献！
来到梦幻的面前，路卡利欧举起右手，宛如当年的亚朗一样，将浑身的波导之力激发了出来。
“波导与我同在！”
在众人惊恐的眼神中，真嗣同样走到了梦幻的侧面，举起右手，做了同样的事。
“真嗣？你？！”小智和琪朵大惊失色。
浑身的波导之力涌动，真嗣整个身体被蓝色的波导包围着。：“别忘了，我多少也算是个波导的使者。怎么能让路卡利欧一个人拼命呢！”
“真嗣！”路卡利欧同样面露纠结，他可以选择坦然赴死。但是并不代表他可以看着别人在他面前陪他一起牺牲。
“少啰嗦，路卡利欧。你一个人耍什么帅？梦幻现在这个情况。要是只有你一个人的波导，恐怕根本就是杯水车薪吧。”真嗣面色严肃。
“当初亚朗就是因为没有人分担，才会最终力竭，牺牲了生命。波导这个东西，用完了以后还会再生出来的。只要分担的人足够多，我相信我们都能全身而退！”
“原来是这样吗……”小智眼神一变，看向亚朗的手套。“好！”
在琪朵不可思议的眼神中，小智将亚朗的手套戴在手上，同样摆出真嗣和路卡利欧一样的姿势。：“我的波导和亚朗一样对吧，我也一定可以做得到！！”
啪～真嗣的腰带上，利欧路的宝贝球自动弹开，看着独自面对危险也不想让自己陷入陷阱的训练家，利欧路的情绪波动到达了极致。
刺啦～进化的白光无比耀眼！这一刻，真嗣的利欧路打心里认同了自己的主人，所以，为了真嗣，它得到了新的力量！
“噜～”白光散去，一个比古代种路卡利欧略微矮了一些，但毛色更深一些的路卡利欧来到真嗣身后，同样把手伸了出来！
“好！来吧！”真嗣冲着自家路卡利欧微微一笑，大声喊道。
“啊！！～”小智用尽全力的调动自己的力量，蓝色的波导从他的身体中涌动而出。
“你们都疯了！万一你们全都死了要怎么办？”代文琪朵这个大小姐不能理解众人的行为。
小智的双手蓝色光芒渐浓，越来越多的波导在他的手套前方成型，小智认真的回答：“要是我们现在不拼命，这棵树就会崩塌，底下无数的神奇宝贝全部都要死！”
“所以，赌上性命也好，我们是不会见死不救的！”真嗣帮小智补完要说的话。
伴随着四股强悍的波导之力涌入身体，真嗣和小智还有两只路卡利欧开始逐渐和梦幻气息相通，连接在一起。
整个身体不断划过蓝色的雷霆，让众人痛苦万分。
但是真嗣可以肯定，自己的生命，没有受到威胁。
梦幻的身体已经开始爆发出绿色的能量，真嗣紧咬牙关：“最后一波了，冲它！”
“波导，与我同在！！”
轰！！整棵初始之树爆发出耀眼的绿光，一时间天地异变，无数的光芒笼罩了整个世界初始之树。
所有崩坏的地方重新生长，宛如炎症一样的红色开始消退。
咚～真嗣一屁股坐在地上，小智还有两只路卡利欧也都精疲力尽的和真嗣靠在一起。
“哈哈哈……我们没事，我就说吧！一个都不用死！”真嗣感觉自己多少有点性情中人了，居然还有点想哭。
恢复了健康的梦幻围绕在真嗣几人中间，来回的转圈跳舞，开心不已。
琪朵摘下自己的红外记录眼镜，轻声叹息：“班克斯，这次的研究记录，就等封存起来吧。”
“不公开吗小姐？”班克斯好奇，自家小姐这么爱名声的一个人，这种大新闻居然选择密而不发？
“不发表，我要把这段影像好好收藏起来。”琪朵认真的说道，
“既然这样我也放心了，”小次郎点点头，骑上烈焰马转身离开了。他的工作已经结束了，
尽管四个家伙都没事，不过大量的损失波导之力，真嗣和小智，已经累的彻底走不动了…
“路卡利欧，你知道吗。”真嗣看向路卡利欧：“有的时候，同伴就是这么棒的东西，可以披荆斩棘，可以绝处逢生……”
“同伴嘛……也不赖～”路卡利欧右拳轻轻锤在真嗣胸口：“波导与我同在……”
真嗣微笑低头：“波导……与我同在～”
小遥几人终于也找到了真嗣几人的位置，跑了上来，小刚架起小智，小遥和小胜架起真嗣。
“诸位，我们回去了！”
“奥！……”