为了挑战百代道馆，真嗣一行人终于来到了百代市。
然而，在受希罗娜邀请准备参观百代历史博物馆的时候，却发生了意外！
叮铃铃……
伴随着警铃声大作，整个博物馆被警察给围了起来。
工作人员和希罗娜交涉后，众人才得知，原来是摆放在这里的金刚玉魂，失窃了！
所以，在东西消失的一瞬间，整个博物馆便紧急封闭了。
“也就是说，小偷还在博物馆里。”真嗣若有所思的说道。
“没有错，所以我们现在需要帮助警方一起调查了。”希罗娜点点头。
“真是的，居然在我的眼皮底下，偷东西，不可原谅！”
正在真嗣几人思考时，菜种抱怨的声音也传了过来。
“菜种小姐？”小智三人热情的打着招呼。
“哎呀，小智～还有～”
小刚一把拉住菜种的小手：“菜种小姐，这是命运的重逢啊，多么令人怀念的草的味道，与你在百代森林中度过的日子……哎……麻了麻了……”
不良蛙抱起小刚的一条腿，你们继续聊，我处理这个货……
和菜种聊了两句近况，菜种不由点头：“原来如此，你们已经找到可怕的甜蜜了，然后大冒险结束之后，又遇到了博物馆大事件嘛……”
真嗣微微有些皱眉，毕竟金刚玉魂对自家的帝牙卢卡很有用，到底是哪一方的势力的到了呢。
首先排除新生火箭队，这种偷窃的风格不符合他们的组织定位。
银河团嘛？也不像啊，银河团每次需要什么东西都是直接抢的，恐怖分子一样……
这种细腻的手法，怎么看都像坂木那个老硬币干的好事……
“各位！我抓住了一个嫌疑人！”真嗣还在思考呢，百代市的君莎已经用绳子绑了一个男人走了过来。
真嗣一看被抓的人头都大了……
“尚志先生？”众人也是一声惊呼。
“这个男人，虽然自称神奇宝贝吟游诗人，但不管怎么看都很可疑……“君莎小姐义正言辞的说道。
“嗨～各位，好久不见了～真嗣先生，午安啊……”尚志微笑着和众人点头致意。
“尚志先生，为什么你会被抓起来……”小智疑惑的问。
“我在进行博物馆里，让思绪飞驰于神奥悠久的历史当中时，突然间警铃大作，然后就被诸位警察人员给包围了。
我的向日花怪因为受到惊吓所以逃走了。于是我们～就在还弄不清楚～什么状况下～如你所见～”尚志连说带唱的解释道。
“不要再唱了，这首歌也很可疑！”君莎小姐不满的说道。
“诶～这首歌，还有毒蔷薇，你是昨天的挑战者嘛？”菜种把尚志给认了出来。
“是的呢，承蒙您的照顾和指教了～”尚志回应道。
“挑战者？！尚志先生已经挑战道馆了吗？”小智发出疑问。
“他啊，昨天在我那边进行对战赛哦，是一场很好的比赛，让我心情很好的把徽章给他了。”菜种开心的说。
“徽章！”小智大惊小怪道。
“没错啊，我可是等着你呢哦，小智。别看我这样，我可是管理百代道馆的人哦。直截了当，我就是道馆馆主！”
“诶？！！”小智感觉智商不太够用了。：“怪不得你的草苗龟实力这么强！”
“尚志先生也终于开始挑战道馆赛了呢，”小刚关心的问道。
“嗯～没有错，这也是我的第一个徽章。确实是一种很令人热血又向往的体验呢。”
“那神奇宝贝华丽大赛呢，……”小光也问道。
嘟嘟嘟……君莎小姐忍不住打断道：“抱歉，在这种紧张的情况下，请不要聊的这么火热。尤其是菜种小姐，你道馆训练家的工作呢？”
“难怪刚才不在。”小光，恍然大悟。
“我们刚才去了一趟百代道馆，因为没人，所以才来这里打发时间的。”小智解释道。
“哎对不起对不起，等这边结束了，马上安排道馆战。”菜种不好意思的说着。
“所以说，你们不要聊的这么和和气气，可以不？”
“对了，君莎小姐，我们可以证明尚志先生是好人？”
“是嘛，那这个怎么解释？”君莎小姐拿出一张照片，上面是一个抱着金刚玉魂的向日花怪。
“我有不一样的看法。”正在这时候，人群中再次走出一位便衣君莎。:“仅仅凭借着一张向日花怪的照片，并不能随便给人定罪的。”
“请问你是哪个地区的君莎！”正在办案的神奥地区的君莎小姐不满的问道。
“我是关东常磐市的君莎小姐！因为今天休假，来这里观光的。”便衣君莎解释道。
“你是不是弄错辖区了，希望你不要在一旁插嘴。”君莎小姐不太开心的说道。
“我只是想提供一些帮助。”休假的君莎无奈的解释。
“大可不必。建筑物早就已经完全封锁了。剩下的小偷一定还在这里面才对取回金刚玉魂并且逮捕犯人只是时间早晚的问题！”本地君莎义正言辞的拒绝了。
看着两个君莎还在斗嘴，真嗣无奈的摇摇头。
“东西是谁偷的其实根本不重要。重要的是这件东西到底是谁对他有兴趣。
如果我想的没错的话，除了这个小偷以外，博物馆外面现在应该还会有银河团的人！在这吵吵闹闹的像什么样子？”
真嗣眼睛一瞪，两个君莎偃旗息鼓。看得希罗娜捂嘴偷笑。
此时博物馆的杂物间。一个穿着紧身衣作战服的红发少女紧紧的贴着墙壁，金刚玉魂就完整的保存在她的手上。
“哎呀呀。这下可头疼了，外面是银河团，里面是警察。我这是被逼进绝路了呀……”少女微微一笑，丝毫没有害怕的样子。
“金刚玉魂，那是传说中可以给时间之神，帝牙卢卡提高能力的东西。”希罗娜跟众人介绍道。
“传说中的神奇宝贝？”小智一脸疑惑。
“对啊，在博物馆前面有很巨大的神奇宝贝雕像对吧？掌管时间的神奇宝贝帝牙卢卡。还有掌管空间的神奇宝贝帕路奇犽。那就是神奥传说中的神奇宝贝。”小光介绍道。
“神奥地方呢，传说是诞生帝牙卢卡和帕路奇犽的地方哦。在神奥的各个地区都有这两只神奇宝贝相关的遗迹或是古代神殿残留下来哦。金刚玉魂就是从那里挖掘出来的。”菜种继续介绍。
“总之，那么重要的东西，我们一定要找到。”在小智和小光的总动员之下，所有的神奇宝贝被放了出来，分头去找嫌疑犯了。
“可恶～”看着小智几人开始行动，神奥的君莎小姐直接把尚志拉去审问了。：“我是不会错的，赌上神奥警察的名誉，绝不会让关东的君莎先破案的。！”
“事情变得好大条呢。”希罗娜皱着眉头看向真嗣。
“唉～我知道啦，交给我吧。”放出路卡利欧，真嗣微微点头，路卡利欧闭上眼睛，开始把波导一圈一圈散播出去～
与此同时，小智的皮卡丘还有小光的波加曼，终于把某个红发小偷堵在了大厅。
”好啦，把东西交出来呗。”路卡利欧和烈咬陆鲨已经堵住了去路。真嗣冲着眼前这个美少女微笑着商量。
、、
刷刷！正在这时，神奥的君莎，也带这个上的来了，整个博物馆水泄不通。
“你们插翅难逃了！”君莎小姐发出最后通牒。
“哼，看样子今天我的委托任务要失败了。既然你们都这么想要这块石头，那就给你们吧！”红发少女直接拿出一颗玉石，想也没想，向着窗户外面扔了过去。
“草苗龟，用叶暴风！”菜种眼疾手快，草苗龟一个滑行扑救，叶暴风将已经飞出窗户的玉石倒卷了回来。
众人这才松了口气～
咔嚓，屋顶被炸开！一道绳梯落下。红发1少女撤去伪装，露出古典的火箭队队服。
“各位再见啦！”一把抓住梯子，少女扬长而去，只留下一张卡片，火箭队特工，宫本～
“哎呀，没想到最后居然是这样的结局。”
一场博物馆的闹剧，落下帷幕，尽管最终犯人还是跑掉了，不过最重要的金刚玉魂还是被众人抢了回来。
“尚志先生，我诚挚的向您认错。”查清真相，君莎才知道错怪了尚志。
“没关系，我一点也不在意。重要的是金刚玉魂并没有出事。”尚志笑着摇摇头，他可是要要做四天王的男人，格局一定要打开……
事件总算是平安落幕了～接下来就是百代道馆的道馆战了。
“可是，委托宫本偷盗金刚玉魂的是谁呢，火箭队吗？
还是神奇宝贝猎人？
又或者是其他的什么组织呢～？