神和镇的上空，一辆蓝色的飞机缓慢的经过，飞机上的君莎拿着对讲机。
“这里是百代市警察，我们即将进入神河镇的管制空域。”
很快，对讲机传来回应：“这里是神和航空管制塔，目前视界良好，天气晴，跑道畅通。”
君莎点点头：“了解了，我们将照着预定，于当地时间9点30分到达。”
正在这时，突然一片大嘴蝠围了上来，将君莎的飞机拦住了。
“这是怎么回事？！”君莎大惊。
“君莎小姐，有不明飞行物体在我们上方，敌我识别器上并没有反应！”机长大惊。
“不用猜了，这种手段肯定是银河团的人，他们是冲着我们押送的金钢玉魂来的！”一身月白色西装的班纳伊皱眉说道。
这次为了押送这个金刚玉魂，百代市警察可以说是相当谨慎了，破天荒的接受了新生火箭队的帮助，班纳伊作为特别顾问跟随警察一起行动。
嘭～正在班纳伊猜测的时候，毒骷蛙落在了飞机顶上。
“是镇星嘛……”
飞机上方，一架直升机敞开着舱门，镇星出现在舱门：“哼，火箭队的情报正确，金刚玉魂我们要了。”
……
时间回到昨晚，三大干部领命准备去炸开三大湖泊，却被坂木拦了下来。
“你什么意思，坂木？”赤日冷漠的问。
“根据我们的情报，想要召唤时空双神，不光需要三圣菇，恐怕还得有两颗玉魂才行，你现在有几了？”坂木冷笑着问。
赤日：……计划变更，目标神和镇，把那该死的玉魂给我拿回来！
…………
另一边，在神和镇华丽大赛成功取得优胜的小光还有小智几人，正在计划新的目的地。
真嗣和希罗娜陪芥子兰博士吃过饭，便来到神奇宝贝中心和小智三人汇合了。
芥子兰博士据说今天还要招待其他的客人，于是让真嗣和希罗娜先自由行动。
神奇宝贝中心的对战训练场，小智正在和皮卡丘特训。
“皮卡丘，把十万伏特的雷电旋转起来，形成一个保护罩，用攻击来代替防御！”
在小智的指挥下，皮卡丘把雷电布满场地就像是一个护盾一般。
“小智，这是你的新招式吗？”来到场边，真嗣感兴趣的看着小智的训练。
“嗯，昨天的华丽大赛上，我找到了一点灵感。既然异常状态无法避免，那就用攻击绝招来进行防御。”小智给大家解释道。
这会功夫，小刚和小光也从大厅走了出来。
“用攻击来进行防御啊，你以前不是这么做过吗。”小刚提出疑问。
“嗯，是这样没错，可是那个催眠术，和以前的攻击都不一样。幽灵系神奇宝贝的独特进攻方式，都让人抓不准反抗的时机～”小智冷静的分析着。
“说起来确实是这样，附和气球还有梦妖魔全都是飘在空中，没有办法掌握动向。”小光赞同的点点头。
”所以，只能同时进行进攻和防御了。”小智认真的说道。
“可是，小智，用进攻来防御，那是拥有两个尾巴的泳气鼬才能施展出来的技巧吧？”小刚皱眉问道。
“所以，这招的精华应该是这样的，泳气鼬，给大家示范一下！”小智拍拍手，泳气鼬自信的来到场地中间。
只见泳气鼬先是用尽全力，旋转着跳了起来，然后就这样使用喷射水柱，就变成了螺旋的水柱最终落地。
“让那个回转跟绝招进行合体，在防御的同时发动攻击，这样不管幽灵系神奇宝贝从哪里攻过来，都能够反击，也可以催眠术进行防御。”小智自信的说道。
“原来如此……”真嗣摇了摇头。
“怎么啦真嗣？”小智好奇的问。
“没事，你的方向是对的，不过这个招式还没完成。”真嗣一语道破。
“还没完成吗？”小智眉头紧皱。
”再多练习一下吧。”真嗣给出建议。
“看样子，暂时要在这里呆一两天了。”小刚笑着摇头。
“好！皮卡丘，泳气鼬，我们继续努力特训吧！”小智兴致勃勃带着神奇宝贝继续训练起来。
真嗣几人则是回到神奇宝贝中心的大厅。
“你刚才已经看懂小智的招式了吧，为什么不把你的想法直接告诉他呢？”希罗娜笑着问。
“这是他的招式，如果我来教他，不就变成我的招式了。”真嗣耸耸肩：“还是自己想出来的招式，更靠谱一点。”
“希罗娜小姐，您回来了。”看到希罗娜，乔伊小姐着急的跑了上来。
“嗯，我昨天到的。发生什么事了吗？”希罗娜好奇的问。
“您看新闻。”乔伊打开电视。
“接下来，为您播报，今天早上发生的金刚玉魂夺取事件的后续报道……”电视里传来的声音让真嗣和希罗娜脸色一下子冷了下来。
“不幸中的大幸，运输机成功迫降，并无人员伤亡。”电视里的实况报道继续说道。
“金刚玉魂。”真嗣无奈的叹了口气，早知道还不如揣在自己兜里呢。
小智训练了一早上，这会闻着八卦的味就进来一起吃瓜了。
“到底发生什么事了？”小智疑惑的问。
电视机里此时继续播报：“犯罪集团，根据搭乘同一班运输机的君莎警官提供的证词，目前已知的，是一个自称银河队的秘密结社。
据了解，银河队是在神奥地方四处活动的秘密结社，并且与最近发生的的帷幕市陨石袭击事件也有所关联。
但是，到目前为止，还无法查明，他们的目的到底为和？
这次被偷走的，是传说中的宝物，金刚玉魂。是在百代市历史博物馆，准备要搬运到神和镇的历史研究所的途中……
在历史研究所中，目前正保管着跟金刚玉魂成对的传说中的宝玉，白玉魂～
受到本案影响，有关部门也加强了警戒。这次的操作，目的是对两颗宝玉进行研究，但是金刚玉魂被夺走，可以预见，这会对神奥的历史研究产生相当大的阻碍。”
“事情已经变得很糟糕了。”乔伊小姐担心的说道。
“历史研究所～”真嗣担心的念叨着。芥子兰博士就是在历史研究所工作。
“走吧，我们直接去历史研究所看看吧。”真嗣建议道。
“嗯～我们走吧。”希罗娜点头。
看着还有点懵逼的小智三人，真嗣解释：“希罗娜的奶奶就是历史研究所的所长。”
“啊？！那我们也跟着去！”小智三人果断选择一同前往历史研究所。
银河团和火箭队，到底会是谁在等待着真嗣几人呢……