十年后，联合政府完成了亚特兰蒂斯基地的探索与住民的安置后提前关闭了通道。全世界范围挑选出来的火种进入蓝星的六个基地隐藏了起来，为了让基地的后代永远记住零上尉率领守护者舰队为人类生存做出的伟大贡献，政府将基地命名为‘希望城’，并按零号到八号做了排序。基地制定了严密的管理条例，由行政院、议会、科学院、军区司令部四方共管。
各国也在几年间陆续撤回了大部分太阴星的移民，海狼国因本土难以安置回迁人口，曾在联合会议上要求联合政府帮助，但联合政府天天有大量繁杂的工作需要安排，各成员国也被本国的各种状况搞得焦头烂额，自己的事情都忙不过来，哪有精力再去管别人，所以讨论解决方案时，各国代表都选择了沉默，最后联合政府对此事的处理态度也是不了了之。
但当年因为此事，海狼国民众在天理教的煽动下认为内阁在国际上争取不到权益，也失去了继续保护人民渡过末日危机的能力，如今只有重新选择相信皇室，在神明的庇护下海狼国才会有未来。没过多久海狼皇室在天理教的协助下终于当了几百年的象征后又重新夺回了领导国家的权力。
最终海狼国没有派飞船撤离移民，另外当初依附海狼国的几个共同在太阴星上抢夺地盘的小国因自己无力撤回本国移民，也只能让他们留在了太阴星上。
2215年3月，距离外星人到达蓝星还有15个月。人类最精锐的太空部队准备进驻三道防线，海狼国积极请缨驻守太阴星，并对外宣称‘皇帝陛下为守护子民将随军亲征，要举全国之力誓死守卫太阴星，不成功则成仁！’
海狼国的决心获得了全世界的赞许，并作为第二道防线的绝对主力进驻了太阴星。随后发生的事情震惊了蓝星，海狼军队在到达防线不久后就对毫无防备的他国驻军突然发起了突袭，并很快占领了太阴星。
人类在危难关头需要一致对外的时候出现叛徒，按理说必定是人神共愤会群起而除之，但此时外星人带来的灭族威胁将至，人类已没有时间先安内而再攘外，再者海狼国作为太阴星防线的主力，配备了人类最先进的太空航母和多种尖端武器，这期间选择内战必定会两败俱伤，打乱抗击外星人的全盘计划。海狼国无论因何种原因叛乱，也是瞅准时机才敢冒天下之大不韪做出此事。
联合政府老一用了龙夏国的一句经典老话给叛乱定了调子“天要下雨，狗爱吃翔，先由它去吧。。。。。。”
2216年5月9日，外星战舰进入了玛尔斯星防线射程，人类舰队全力发起攻击，尽管外星战舰只剩下四艘，但双方存在巨大的科技代差，空天航母和战机发起的攻击像玩具枪射出的子弹形不成任何杀伤力，在外星战舰肆无忌惮的屠戮下，很短的时间第一防卫圈就几乎全军覆没。
外星舰队在到达第二防卫圈时没有遇到任何抵抗，海狼皇下令撤除了所有的武装，用标语、灯语、通讯、欢呼、手势、跪迎、伏地等一切能想到的方法表达善意和顺从，狼皇笃定外星人早已破解了人类信息，能够明白这是在投降。外星人明显读懂了狼皇的意图，战舰转向径自朝蓝星而去。
高轨道近地防卫圈是蓝星设立的最后一道阻击线，距离地面500公里，人类沿着这个高度覆盖蓝星建立了上万个核弹发射平台，无论外星战舰从哪个方向接近蓝星都能保证发起攻击。核弹的威力依靠冲击波，在没有空气的太空摧毁力会减弱，只有在大气层内引爆才能保证最大的杀伤力，核打击是人类最后的希望。
2216年5月17日，外星战舰穿过大气层接近了蓝星防线，人类遥控发射了具有进攻角度的所有核弹，漫天的弹道像无数只伸张的触手汇聚向目标，几秒钟后，监控屏幕闪过极致的光芒然后陷入黑暗，核弹爆炸产生的电磁脉冲导致蓝星大部分电力系统和通讯网络陷入瘫痪、空间探测器也失去作用，没人知道结果如何，所有的人都在默默祈祷。
四艘敌舰再次出现了。。。。。。毫发无损！！！
全人类的心情掉落到深渊。。。。。。
后世把这一天称为‘5.17黑暗降临日’。
外星战舰悬停在了蓝星上方万米的空中，舰身通体乌黑，形状如细长的长方体，舰长接近一千米。四艘战舰的上方同时开启了多个通道，从通道中弹射出一百二十架舰载机类型的飞行器（以下简称外星战机），飞行器长约四十米，看上去像一只平放的方形乒乓球拍。
外星人显然是被核打击激怒了，一百二十只外星战机钻天入地出现在蓝星各地的上空，报复性的持续摧毁地表所有的标志性建筑和军事、能源等设施 。
人类已经经历了玛尔斯星防线的惨痛教训，虽然军方高层目眦尽裂，但还是理智的没有派出战机去徒增伤亡，地空防卫武器的反击虽然密集，奈何根本无法锁定外星战机如能瞬移的鬼魅身影。
攻击持续了五个小时，人类的对空防护系统全部瘫痪，蓝星各地浓烟四起、千疮百孔，全世界有超过百分之六十的人口生活在地面上，袭击造成的伤亡难以估量。
外星战舰开始下降高度分别抵达了四座超级城市的上空，外星战机也逐渐停止攻击陆续回归母舰。冷冷庞大的舰体悬浮在城市上方，毁灭气息的压迫下城市各处躲藏的人群开始四处奔逃，外星战舰下部开启了数十个方形通道，向下喷射出微黄色的有形光柱，光柱随着敌舰缓慢移动，奔逃的人群只要进入光柱范围就会失去身体控制，沿着光柱被吸入舰身。
外星战舰没有再次发动攻击也令人意外的没有登陆，在吸入了大量的人类后关闭通道高速离去了。。。。。。
后世的史书清晰地描述了黑暗年代发生的事情，并对当年人们产生的许多困惑做了详细地解释。
外星人来自距离蓝星16.5光年外的江波星系，称自己的国家为拉灰美尔帝国。拉灰美尔人的寿命较长，平均身高超过2.5米，绿色的皮肤，全身有细密可见的鳞甲，有五官无毛发、后脑尖长，下肢短而粗壮弹跳力惊人。
拉灰美尔文明接近十万年，最初所在的星球和蓝星类似，但经过几万年的演变，拉灰美尔人的生存环境变得极为糟糕，恶劣的环境导致拉灰美尔人的进化出现了异常，个体更加强壮凶残了，但后代繁衍却变得艰难。距今万年以来人口迅速减少，如今更是剧减到只剩下两千万，已经出现了灭族危机。
拉灰美尔人急需寻找新的宜居星球来改变灭族危机，也需要奴役其他文明来满足拉灰美尔帝国血液里激进的扩张野心。多年来，拉灰美尔帝国始终锲而不舍的派遣先锋舰队去星际探索，终于一只舰队在接近金乌星系时发现了人类文明。
余下的四艘战舰到达蓝星后，拉灰美尔人还是被核弹的威力震慑到了，最终没敢登陆。核弹虽然对它们的战舰造成的伤害有限，但拉灰美尔人经过分析认为在人类的核攻击下如果派遣小型登陆舰登陆到蓝星，很难保证他们的战士不出现伤亡，现在仅剩的那点儿战士消耗不起了。而且万一人类因为绝望发动自毁袭击，重创生态灭绝了人口，那蓝星的价值就荡然无存了。
拉灰美尔人会议决定，由于他们现在的人力、战舰有限，只能等待帝国大军到来后再去彻底占领金乌星系。等待期间，他们要做的是监管金乌星系，完成星系探测，毁掉人类的科技文明，并且要有步骤地瓦解人类必死的抵抗决心。
拉灰美尔舰队离开蓝星后返回太阴星，和海狼皇进行了接触，在得知蓝星和玛尔斯星有亚特兰蒂斯文明遗留的基地，曾经大战的记忆让拉灰美尔人对亚特兰蒂斯先进的科技文明心存余悸，感到不安的拉灰美尔人又快速回到蓝星。
在六个基地曾经开放的入口处，拉灰美尔人用尽了攻击、探测等手段，都无法明白空间折叠技术的原理，不甘心的拉灰美尔人又冲到玛尔斯星，结果还是一样无迹可寻。
万般无奈拉灰美尔人放弃了寻找，不过他们经过集体讨论后，认为没必要对基地的事情过于担心。因为以人类现有的能力，只要他们在蓝星不离开战舰，几乎不会存在危险，另外即使亚特兰蒂斯基地的文明能被人类掌握，那必定也是上千年甚至几千年以后的事情，帝国大军最多两三百年就会达，到时候基地的事情首领自会决断。
有了结论，拉灰美尔人对基地的事情也就不再放到心上了。一艘战舰独自离去执行星系探测任务，顺便还要摧毁星系内所有的空间站、轨道卫星和探测器;而另外三艘战舰则停在了太阴星上空，统治了太阴星的人类。
拉灰美尔战舰不定期的会出现在蓝星巡视，发现人类文明有复苏的痕迹就立即摧毁，同时每次都会装满掠夺到的人口返回太阴星。
如此过去两年，人类渡过了最初的慌乱开始面对生存现实，蓝星各国当年就建立了许多地下城，后期更是将地下开发与海洋和太空开发等同，投入大量资源用于发展，只是再多的地下城加上守护者基地，也只容纳了全星不到半数的人口，还有超过一半的人不得不生活在地面上。
九座希望城没有受到影响，城内保留着完整的亚特兰蒂斯地下城市体系，零号城还留有两艘接近修复的蝶式战舰以及很多的战舰残骸，科学家们疯狂的学习高等文明留下的智慧，人类科技正以日为单位的飞速跃进。基地内已经可以使用亚特兰蒂斯原有的通讯、监控技术，九座城之间能正常联络正常，也了解蓝星地表发生的情况，只是与基地外的联络中断了。
拉灰美尔人没登陆蓝星，各国的地下城受到的影响也不大，内部独立的军事、民用系统暂时都运转正常，但就像一台无法联网的老式单机电脑只能自我运转了。
地表上生存的人最为艰难，拉灰美尔人持续地摧毁与科技沾边的一切设施，现代城市体系已经完全瘫痪。好在外星人没有刻意破坏自然生态，99%的人群逃离了城市，迁徙到农村、大山、丛林等地，地表上人类的文明倒退了几百年