因为万历的放任不作为，不仅导致万历朝地方民政管理失控无序，思想文化方面更是有过之而无不及。
思想文化方面，像满清康雍乾动不动因莫须有的文字过渡解释而九族消消乐不得行，但过渡的放任不管，更是不行，文化上面或许是繁荣了，但人心散了，队伍也就不好带了。
朱由校并不是要搞什么禁止民间有不同声音的文字狱，而是要规范指引这些书院合理传播思想与文化，这些书院可不是后世的综合性大学，而是专为考取功名从而出仕为官的科举速成班。
对于这种政治目的十足的私人书院，朱由校自然是不会对他们关停感到任何惋惜的。
这些为了科举而存在的书院，既不研究如何提升农作物高产，也不研究如何提升手工业的工作效率，他们研究的只有如何更快捷地考上举人与进士，如何在官场中拉帮结派，从而不断地往上爬，并结成一个个的政治小团体。
这些人高喊‘万般皆下品惟有读书高’，他们所歌颂的读书只不过是科举要考的四书五经，以及过往科考中的优秀时文，最终目的还是为了做官，从而形成新的可藐视千万人的官僚士绅。
他们对于民族与人类的发展，提不出切实可行的解决方案，反而蔑视与阻碍它们的发展。
不废除这些不受控的私立书院，不仅继续造成大明官场的思想混乱，加剧党争，同时也会阻碍朱由校将要推行的改革科举内容，以及综合性教育与全民义务教育。
朱由校本还不想这么快整顿天下书院的，但谁让冯从吾刚好又撞到了枪口上，这种大好机会，朱由校可不会轻易错过，正好借此名义先整顿民间私立书院。
直到这时，朱由校算是彻底理解了张居正主政时为何要关停天下书院的想法。
对于皇帝关停东林、首善与岳麓书院，方从哲三人完全可以理解，但借机关停整顿天下所有私人书院，三人一时不知该如何反驳。
虽然他们主观上不希望朝廷限制书院的自由，但从政多年的他们自然明白由朝廷统管私立书院的好处远远大于坏处，三人中方从哲曾经就有过多年在私学讲学的经历，感受自然也就也更深。
见三人默不作声，朱由校不满地朝一旁的刘时敏说道：“将此旨意抄录给礼部尚书顾秉谦，让他明年在年度会议的时候，拿出切实可行的办法！”
“是，皇爷，奴婢遵旨！”刘时敏躬身回道。
皇帝与刘时敏的对话，惊醒了尚在权衡中的三人，见此策已经不可阻挡地会执行，便只好一同回道：“是，陛下，臣等遵旨！”
朱由校看向方从哲说道：“此次大案，会空出来不少新的空缺，让吏部尽快拟一份单子出来交给朕审阅。另外，刑部尚书黄克缵请求致仕的奏请朕准了，就不必弄什么廷推了，吏部也尽快拟一份单子过来，朕从中挑选一个！”
“老臣遵旨！”方从政低声回道。
对于黄克缵的致仕请求，三人都是清楚的，想到近两年黄克缵的遭遇以及他年过七旬的年龄，是在意料之中的事情。
现在一下子多出了好多个品级不低的实缺，三人不约而同地微笑着互望了一眼，都明白又将是一场利益的重新分配。
黄克缵的致仕请求，朱由校也没有为难他，虽然他也有不少问题，但大原则上并没有太大的问题，朱由校也就让他光荣致仕了。
身在官场，哪个官员身上没有一堆错处，只不过要看上位者如何利用罢了。
只是可惜本次大案中，叶向高、朱国祯与沈潅三人因证据不足，朱由校一时还无法将他们怎么样，但有魏进忠的鼠道之法，想必离拿下他们也不会太远了。
虽然无法拿下叶向高、朱国祯与沈潅三人，但主犯李标的恩师兼同乡赵南星朱由校可不会放过，历史上的他在当上吏部尚书后，利用京察与大考打压异己，将朝堂与地方官场变成了东林党人的一言堂，实现了真正意义上的众正盈朝。
“朕听说赵南星是此次大案主犯李标的授业恩师兼同乡？”朱由校看向方从哲问道。
“回陛下，的确如此，赵南星和李标皆是直隶真定府高邑县人，赵南星是万历二年的进士，李标是万历三十五年的进士，两人之前皆与李三才交好！”
方从哲看似平淡的语气，但却是想着致赵南星这个政治敌人于死地。
对于方从哲的回答，朱由校十分的满意，考虑片刻后，朱由校便决定了赵南星的命运，“朕不喜莫须有的罪名！”停顿片刻后，朱由校朝魏进忠说道：“进忠，要配合督察院好好查查这个与两个反贼关系莫逆的赵南星，记住，
要证据确凿，朕可不想落个残害忠良的恶名！”
魏进忠低声回道：“是，皇爷，奴婢遵旨！”
“此次牵涉的官员不少，而且品级还不低，内阁与吏部要认真筛选一番，不一定局限于在朝官员。其中刑部一下子少了尚书与左侍郎，人选可要好好筛选一番！”
朱由校看该沟通的沟通得差不多了，就进行了话题结尾。
“臣等遵旨！”三位大学士一同躬身答道。
“嗯，诸位先退下吧，名单五天后再交给朕！”朱由校挥了挥手道。
“是，陛下，臣等告退！”三人说完，秩序井然地退出了暖阁。
看着还留在内阁的魏进忠，朱由校看向他问道：“刚交代你的几件事情，可明白怎么做了？”
“回皇爷，老奴基本明白了，皇爷不喜之人，奴婢会想方设法让他们牵连上李标之案！”魏进忠低声答道，看不出任何的悲与喜。
朱由校轻点了下头后，淡淡地说道：“嗯，明白了就好，盯紧此次京中遴选官员之事！”
“是，皇爷，奴婢遵旨！”魏进忠回道。
“嗯，退下吧！”
朱由校挥了挥手后，拿起一旁规制好的题本开始处理起今天的政务。
魏进忠见此，躬身行了一礼后，蹑手蹑脚地退出了暖阁。