之所以会有这种罕见的趋势，是因为琼林学派在塑造实心学时，并没有持文人常有的门户之见，而是积极的博采众家之长。因为出现最晚，它几乎吸取了各家所长，来完善自身的学说。它将实学思想融入到了心学中，形成一门‘实心并重’之学。它向泰州学派学习，用人的自然本质，去修正王学的‘良知’，主张良知的主要内涵是个体人格的平等、尊严和独立，充分肯定个人生存的权利和人格的尊严。
类似泰州学派的‘百姓日用即是道’，实心学提倡三百六十行，行行出圣贤，只要能在自己的范畴做到极致，即可成圣。诸如仓颉造字、伏羲演卦象、神农尝百草，有巢氏发明房屋，乃至蔡伦发明纸张，都使他们名垂千古，为世人称颂，这都是圣贤。
实心学又不是一味的迎合，使自己变成四不像，而是大胆的创新，修正了‘析气与理为二’的儒家世界观，主张‘盈天地皆气’。即气这一物质实体才是宇宙万物的本原，而且它变动不停，时刻流动。所谓理，乃是万物的阖辟升降、阴阳动静的秩序，是气之流行的条理。理不能离气以为理。人类依据心这一主体，格物穷理，就会自然发现世界真实存在，揭示出世界的本源。
所以它认为世界是可认识的，万物运行有其内在规律，而发现其规律，就是格物，格物便可致知。这似乎是在走程朱的老路，但理学的格物，是类似于禅宗的顿悟式的，所谓‘今日格一物，明日又格一物，豁然贯通，终知天理。’其圣贤之路，虽有***，却似乎永远看不到终点。更可悲的是，走在这条路上的人，要么顿悟成圣，要么彻底失败，皓首穷经，白做无用之功。
而实心学的格物却是渐进似的。认为圣贤也不是生而知之，而是通过后天的主动学习，由小及大，多年积累，才量变产生质变，掌握了‘大道’，成为圣贤。这样的好处是，就算最终不能成为圣人，也可成为完人、贤人，取得大成就，获得大满足。
同时，实心学对如何格物提出了明确的指导。格物究理，就是要发现隐藏在我们直观可见的世界背后的抽象真理。因此不能脱离现实的纯思维的空想，而是必须建立在实践基础上，经过实践检验和严密逻辑论证，最终得出关于客观世界各种事物的本质及运动规律。这种本质和规律，就是我们苦求的真理。
至于‘逻辑’这个词，人们并不陌生，苏州通译局翻译的《逻辑学》一书，已经问世二十多年了，而且也可以溯源到先秦时代的墨子。它可以‘明是非之分、审治乱之纪、明同异之处、查名实之理、处利害、决嫌疑；摹略万物之然，论求群言之比。’其核心在于探究万物相关之原因。
实心学认为，学者之所以辩论不能明是非，分胜负，乃至得出真理，就是因为缺乏逻辑，从而出现种种诡辩混淆视听。只有逻辑才能扫除诡辩的迷雾，纠正悖论的错误，引导人们获得真知。
所以入琼林学派的第一课，就是学习逻辑，没有通过逻辑学的测试，就不许开口论经。而学者所出的每一言，都必须符合逻辑，如果出现前后矛盾、自相矛盾，或者与实际矛盾，则必须承认错误，并在一段时间内保持缄默，重新审视自己的学说的逻辑。
实心学的创立，第一次为身怀‘修齐治平’，却深感迷茫无助的中国文人，指出了一条明路。是以一经问世，便吸引到信者无数，尤其是那些胸怀大志的热血青年，几乎轻易就摒弃原先所学，加入了琼林学派。而实心学‘三百六十行，即可出圣贤’的开放态度，又吸引了大量的平民百姓，工商业者加入进来。短短数年，琼林学派便发展壮大起来，尤其是在东南，几乎每个州县，都有其讲学之处。只是因为吸取了王学鱼龙混杂，作奸犯科者众多的教训，琼林学派建立了严格的戒律。在孙鑨所制定的《会约》中，提出了二十四条读书讲学的要求。其中‘四要’，是加入琼林学派目的。‘二惑’，是指在会中学习应持的态度。‘九益’是读书讲学的九大好处。而‘九损’则是有害于读书讲学的九种行为，也是琼林学派的戒律：
所谓比昵狎玩，鄙也；党同伐异，僻也；假公行私，贼也；评议是非，浮也；谈论琐怪，妄也；文过饰非，怙也；多言人过，悻也；执是论辩，满也；道听途说，莽也。违反了这些戒律，会遭到学派的惩罚，严重的直接驱逐。
除了戒律之外，还有严格的仪式。由褚大绶制定的《会约仪式》十一条，规范了集会讲学的仪式。比如孙鑨在崇正书院首次讲学的情形，就是最好的说明。
在开会的前一天，书院山长已经恭恭敬敬地捧着孔子和孟子的圣像，将其挂在讲堂。这一日仪式举行时，先击鼓三通，所有与会者穿戴整齐，在圣像前行四拜礼，再到供奉着墨子、朱熹、阳明先生和白云先生的四贤牌位前行礼。<
然后进入讲堂，主要人物按主客、按长序分东西两侧坐于讲台蒲团之上，听讲者则盘膝坐于台下，先由礼赞领诵门派经典一段，然后当值者点起线香，众人静坐默思。待线香燃尽后，方才由本日主讲人授讲，然后是自由提问解惑时间。还经常会有辩论，任何人都可登台一展雄辩之才，但前提是必须符合逻辑，若有违反，则必须缄默数场。
在后人看来，也许这其中的仪式过于繁琐，但就像皇帝要通过演练礼仪，来加强君权神授的权威一样。一个学派想要从单纯的学术交流，转变为某种政治组织，也必须要经过这种庄严的仪式来达成。
因为这次主讲的孙鑨，不仅是琼林七子之一，还是‘实心学’三大奠基人之一，这些年他阐发本门经义的着述广为流传，然而却因为朝廷官员的身份，一直甚少参加讲学。现在他被削职为民，反倒成了本门的福祉，故而其讲学的消息，虽然没有在报纸上告白，但江浙一带的门众还是云集而至，短短三天，就聚集了六七千人。
虽然崇正书院常年讲学不断，但也没有空间容纳这么多人，耿定向只好在琼林学派主办的《新知报》上呼吁，请南京本地的门众，将听讲的机会让给外地的同门，这才勉强解决了问题。
等大家坐定，再东西相对两揖。等当天结束前，击磬三下，东西相对一揖，再向圣像和四贤行礼，肃穆退出会场。在琼林学派的学者中，孙鑨最反对虚谈，不仅批评王学，对程朱理学亦抨击甚厉。主张‘大抵不侈语精微，而笃实以为本。不虚谈高远，而践履以为程。’故而今日所讲的内容‘心性与事功之间是否相容’，也是紧扣自己的主旨之所以有这个讲题，是因为他敏锐的发现，琼林学派中的不少学者，都有些‘重实轻心’了。这固然是对心学和理学空谈心性的修正，然而却是矫枉过正了。孙鑨提醒门众，空谈心性而忽略兵农工商等实用之学，固然会陷于空疏；但太突出实用性而缺少对心性的真切体认，亦会迷失人之为人的方向。因为心性之学本来就是探讨人的本质及如何立身处世的问题，它涉及到人的生存价值和终极意义的思考，如果忘记了如何为人，只会成为物欲的奴隶，最终毁灭这个世界。所以要始终不懈的反观内求，慎独、戒惧，以确立内在的‘道德自我’，促进自我的完善。当然，若只以心性之学为能事，仅仅执着于对心性的悟解而不屑于做其他实际的事务，那么心性之学无疑将会变回一种‘无用之学’，所以，心性与事功之间应是‘合则两美，离则两伤’的。
孙鑨的讲学微言大义，深入浅出，逻辑严密，听者无不深以为然。待其讲毕，便有门众发问，先是就其论题提问。过了半个时辰，问题渐渐转移到一些众人关心的热点问题。
有滁州琅琊书院的山长问道：“去岁先生在《新知报》上发表文章，说设立学校，不仅是为了养士，更不是为了科举，而是’必使治天下之具皆出于学校，而后设学校之意始备。’学生请问，日后我们的书院，该走什么样的道路？”
“此言是针对书院的未来而发。我们现在的书院，已经不仅是教书育人的学堂，更是讲经论政的场所。国家之新风，由此发轫，民族之方向，以此为指向。因此我们的书院，要肩负起更大的责任，一方面要以天下为己任，教化四方，使朝廷之上，乡闾之间，渐摩濡染，莫不有奋发向上之气。”顿一下，他接着道：“从长远看，则要形成强大的舆论力量来匡扶社稷。只有这样，才能使盗贼奸邪，慑心于正气霜雪之下，君安而国可保也！”
“多谢赐教。”那位山长坐下了，却又有人站起来问道：“先生所言，似乎与夫山先生的《明夷待访录》如出一辙，您是不是也赞同他的那些惊世骇俗的观点？”
《明夷待访录》问世不过数年，却已经得了‘海内第一奇书’的名头，其共有二十一篇，在开篇的《原君》中，便无情地揭露了封建帝王的罪恶，指出帝王是唯一的害民之贼。因为皇帝自视天下之主，便将万邦五方，黎民兆亿看做自己的私产，‘其敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉一人之淫乐，视为当然。’曰：此我家业之花息也。’所以为天下之大害者，君而已矣，向使无君，人各自得其是也，各得自利也，呜呼！岂设君之道固如是乎！’这些大逆不道之言，在二百年间是没有人敢说的，此书作者却大声疾呼：皇帝是天下之大害、是国民之‘敲剥者’。并理直气壮地呼吁，现今应当是‘天下为主，君为客’！
在《原臣》一篇中，作者同时也提醒士大夫们，不要再做皇帝敲剥百姓的同谋帮凶，而应该是‘为天下，非为君也；为万民，非为一姓也。’因为‘天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐。’最后得出这样的结论：士大夫的人如果‘不以天下为事，则君之仆妾也；以天下为事，则君之师友也。’
在《原法》一篇中，又对***制度进行猛烈的批评，说它是公私不分，权利义务不平，没有公法可言。因此反对‘一家之法’，主张‘天下之法’，‘有治法而后有治人’。主张非废除秦汉以来的‘非法之法’不可；要求得天下太平，非废除***的君本制度，而改为民本制度不可。
可以说，先秦至今两千年，还从没任何人，像本书作者这样，胆大包天，毫不留情的将君主制度批判的体无完肤。此书已经问世，便引起了巨大的反响，被秘密印刷数万册，广为传布，令不知多少人血脉贲张。据说，泰州学派的狂人李贽，在得到这本书后如获至宝，便立刻赶往江西永丰，找到了隐居多年，不问世事的何心隐。何大侠在看过这本书后拍案而起，欣喜若狂道：“得此无上真言，虽死无憾矣！”第二天便收拾东西，跟李贽走出山区，重回世间讲学。他不讲别的，只讲此书。因为何心隐的巨大声望，使这本书几乎无人不知，其‘君主乃天下之大害’，‘天下为主，君为客’的名句，也几乎无人不晓。许是这种说法，过于惊世骇俗，与他狂侠之名吻合，故而世人便将此书的作者，按在了他的头上。